在交通事故中，关于营运车辆的停运损失赔偿问题，这确实是一个涉及多方面因素的复杂议题。以下是我为您提供的详细解答：
一、停运损失赔偿的基本原则
营运车辆的停运损失，原则上应由事故责任方来承担。这一原则基于侵权责任法，即因侵权行为造成他人损失的，应承担相应的赔偿责任。具体责任分配，则需进一步依据交强险、商业三者险的保险条款以及相关法律法规来确定。
二、保险公司赔偿情形分析
交强险赔偿：
- 交强险主要赔偿交通事故中造成的第三方人身伤亡和直接财产损失。虽然交强险条款通常将停运损失等间接损失列为除外责任，但在司法实践中，部分法院会认为合理的停运损失属于交强险财产损失赔偿范围的一部分。
- 交强险有责任财产损失赔偿限额为2000元，无责任财产损失赔偿限额为100元。若停运损失在此限额内，且法院认定属于交强险赔偿范围，则可获得赔偿。
商业三者险赔偿：
- 商业三者险的赔偿情况则取决于保险合同的具体约定。大多数商业三者险条款会明确将停运损失等间接损失作为免责事项。
- 如果保险公司已就免责条款向投保人履行了提示和明确说明义务，则通常不会在商业三者险范围内赔偿停运损失。
- 但若保险公司未能证明其已履行上述义务，则该免责条款可能无效，保险公司需在商业三者险责任限额内赔偿停运损失。
三、侵权人赔偿情形
- 保险公司免赔时：当保险公司依据保险合同条款对停运损失免责时，侵权人作为直接责任方，应对营运车辆的合理停运损失承担赔偿责任。
- 超出保险限额时：若停运损失超出交强险和商业三者险的赔偿限额，超出部分同样由侵权人承担。
- 双方都有责任时：若交通事故双方均有责任，则停运损失应按各自的责任比例分担。
四、特殊情形下的赔偿
- 雇员侵权：若侵权人在执行工作任务过程中发生交通事故导致营运车辆受损并产生停运损失，根据《中华人民共和国民法典》规定，由用人单位承担侵权责任。用人单位承担后，可向有故意或重大过失的工作人员追偿。
- 挂靠经营：以挂靠形式从事道路运输经营的机动车发生交通事故造成损害且属于该机动车一方责任的，挂靠人和被挂靠人应承担连带责任，共同赔偿营运车辆的停运损失。
五、建议与总结
- 及时索赔与保留证据：营运车辆因交通事故停运时，受损方应及时向保险公司和侵权人提出索赔，并保留行驶证、营运证、停运时间证明等相关证据，以便在后续处理中维护自身权益。
- 研究合同条款与沟通协商：车主在购买保险时应仔细研究合同条款，特别是关于停运损失赔偿的规定，并与保险公司沟通协商不明确之处。
- 寻求专业法律帮助：在处理此类复杂案件时，建议寻求专业法律人士的帮助，以确保自身权益得到充分维护。
综上所述，营运车辆的停运损失赔偿问题需综合考虑保险合同约定、法律法规规定及实际案件情况。希望以上解答能对您有所帮助。