关于您提出的“发生交通事故，停运损失三者险保险赔吗”这一问题，以下是我的详细解答：

首先，我们需要明确的是，交通事故中的停运损失是否由三者险赔偿，主要取决于保险合同的约定、相关法律法规的规定以及实际案件情况。

一、交强险部分

交强险，即机动车交通事故责任强制保险，主要赔偿交通事故中造成的第三方人身伤亡和直接财产损失。根据《机动车交通事故责任强制保险条款》的规定，交强险不负责赔偿因交通事故导致的停业、停驶等间接损失，这其中就包括了停运损失。因此，在一般情况下，交强险是不会对停运损失进行赔偿的。

二、商业三者险部分

商业三者险，即机动车第三者责任保险，其赔偿范围则取决于保险合同的具体约定。

1. 通常不赔情况：

   • 大部分商业三者险条款会将停运损失等间接损失作为免责事项。这是因为停运损失具有难以预估性和不确定性，保险公司在设计条款时通常会将其排除在赔偿范围外。
   • 如果保险公司在销售保险时，已经就免责条款向投保人进行了充分的提示和明确说明，那么在发生交通事故导致停运损失时，保险公司通常不会在商业三者险范围内进行赔偿。

2. 可能赔偿情况：

   • 如果投保人与保险公司特别约定将停运损失纳入赔偿范围，或者购买了相关附加险，并且这些约定或附加险符合保险合同的规定，那么在发生交通事故导致停运损失时，保险公司就需要对停运损失进行赔偿。

三、法律法规依据

《最高人民法院关于审理道路交通事故损害赔偿案件适用法律若干问题的解释》明确规定，依法从事货物运输、旅客运输等经营性活动的车辆，因交通事故无法从事相应经营活动所产生的合理停运损失，属于交通事故财产损失赔偿范围。然而，这并不意味着所有情况下保险公司都需要赔偿停运损失，具体还需看保险合同的约定以及保险公司是否尽到了提示和明确说明义务。

四、实际处理与注意事项

1. 在营运车辆因交通事故停运时，受损方应及时向保险公司和侵权人提出索赔，并保留好行驶证、营运证、停运时间证明等相关证据。
2. 车主在购买保险时应仔细研究合同条款，特别是关于停运损失赔偿的规定，并与保险公司沟通协商不明确之处。
3. 如果双方无法就停运损失赔偿问题达成一致，受损方可以通过诉讼等法律途径解决争议。

综上所述，交通事故中的停运损失是否由三者险赔偿，需要综合考虑保险合同约定、法律法规规定及实际案件情况。因此，在处理此类问题时，建议您仔细研究保险合同条款，并在必要时及时与保险公司沟通协商或寻求法律途径解决争议。