工厂将年底的双薪写成赔偿金，这一行为是否合法，需分情况讨论：
若双薪与赔偿金性质完全不符，且工厂无合理理由：
- 年底双薪通常是用人单位对员工一年工作表现的奖励或福利，属于员工应得的劳动报酬的一部分。而赔偿金则是在特定法律情形下，如违法解除劳动合同等，用人单位需向员工支付的额外补偿。
- 如果工厂将年底双薪故意写成赔偿金，且没有合理的解释或依据，这种行为可能构成对员工权益的侵害，违反了劳动法的相关规定。员工有权要求工厂按照实际应支付的年底双薪进行发放，并可能因此向劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁。
若存在误解或特殊约定，且工厂能提供合理证据：
- 在某些特殊情况下，如果工厂与员工之间有明确的约定，将年底双薪以赔偿金的形式发放（例如，作为对员工某种特殊贡献的奖励，且双方均同意以赔偿金的名义进行），并且工厂能够提供充分的证据证明这一约定的存在和合理性，那么这种行为可能不被视为违法。
- 但即便如此，工厂也应确保这种约定不违反法律法规的强制性规定，且不损害员工的合法权益。如果约定存在模糊或不合理之处，员工仍有权提出异议并寻求法律保护。
法律建议：
- 对于员工而言，如果发现工厂将年底双薪写成赔偿金，首先应与工厂进行沟通，了解具体原因和依据。如果沟通无果，且认为自己的权益受到侵害，可以向当地的劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁。
- 在处理此类纠纷时，员工应保留好相关证据，如劳动合同、工资条、工厂的通知或公告等，以便在需要时证明自己的权益。
可能的法律后果：
- 如果工厂的行为被认定为违法，除了需要按照实际应支付的年底双薪进行补发外，还可能面临劳动监察部门的处罚或劳动仲裁的裁决，包括支付赔偿金、加付赔偿金等。
- 对于员工而言，如果因工厂的违法行为而遭受了损失，还有权要求工厂进行赔偿。
总之，工厂将年底的双薪写成赔偿金是否合法，需根据具体情况进行判断。如果你对此有疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。