工厂年假扣底薪一般不合法。以下是详细的分析：

法律依据

1. 《中华人民共和国劳动法》第五十条：明确规定工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。
2. 《中华人民共和国劳动合同法》第八十五条：规定如果用人单位未按照劳动合同的约定或国家规定及时足额支付劳动者劳动报酬，劳动行政部门将责令其限期支付，并可能要求其支付赔偿金。

具体分析

1. 年假性质：年假是劳动者的合法权益，是劳动者在一年内应享受的带薪休假。因此，年假期间，劳动者虽然未提供实际劳动，但仍应享有工资报酬。
2. 扣底薪行为：工厂在年假期间扣底薪，实际上是在剥夺劳动者的合法权益。除非劳动合同或相关规章制度有特别约定，并且该约定不违反法律法规的强制性规定，否则工厂无权扣减劳动者的年假工资。
3. 特殊情况：如果工厂因特殊原因（如经营困难、停工停产等）需要调整工资支付，也应提前与劳动者协商，并遵循相关法律法规的规定。在未经劳动者同意的情况下，单方面扣减年假底薪是违法的。

法律建议

1. 与工厂沟通：劳动者应首先与工厂进行沟通，了解扣底薪的具体原因和依据，并要求工厂提供合法的解释和证明。
2. 向劳动监察部门投诉：如果工厂无法提供合法的解释和证明，或者扣底薪行为确实违反了法律法规，劳动者可以向当地的劳动监察部门进行投诉，要求调查处理。
3. 申请劳动仲裁：如果劳动监察部门无法解决问题，劳动者可以依法申请劳动仲裁，通过仲裁程序维护自己的合法权益。

综上所述，工厂年假扣底薪一般是不合法的行为。劳动者应了解自己的权益，并在必要时采取法律手段维护自己的合法权益。如果你有其他法律问题或需要进一步的帮助，请直接向我咨询。