公司将年休假工资按底薪计算是不合法的。以下从法律背景、具体规定及法律后果几个方面为你详细分析：
一、法律背景
年休假是劳动者的法定休息权利，依据《职工带薪年休假条例》及相关法律法规，劳动者在年休假期间应享受与正常工作期间相同的工资收入。这是保障劳动者休息权和获得相应劳动报酬权的重要体现。
二、具体规定
支付标准：
- 对于职工应休未休的年休假天数，单位有义务按照该职工日工资收入的300%来支付年休假工资报酬。这一规定中，300%的工资报酬实际上包含了用人单位已经支付的正常工作期间的工资收入和额外的200%作为未休年假的补偿。
- 例如，若职工日工资为200元，则对于未休的年休假天数，单位应支付600元/天的工资报酬（其中200元为正常工作期间的工资，400元为未休年假的补偿）。
底薪与全额工资的区别：
- 底薪通常只是劳动者工资的一部分，可能不包括奖金、津贴、补贴等额外收入。而全额工资则是指劳动者在正常工作期间应获得的全部劳动报酬。
- 因此，将年休假工资按底薪计算，显然无法达到法律规定的300%的支付标准，直接侵害了员工依法享受的带薪年假权益以及获得相应报酬的权利。
三、法律后果及建议
法律后果：
- 公司将年休假工资按底薪计算的做法，违反了《职工带薪年休假条例》及《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定。
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》第三十条，用人单位必须按照劳动合同约定和国家相关规定，及时足额地向劳动者支付劳动报酬。拖欠或者未足额支付劳动报酬的，劳动者可以依法向当地人民法院申请支付令。
建议：
- 面对这种情况，员工有权与公司进行协商，要求公司按照法律规定的标准补足未休年假的工资差额。
- 如果协商无果，员工还可以选择向劳动监察部门进行投诉，或者申请劳动仲裁来进一步维护自己的合法权益。
总结来看，公司将年休假工资按底薪计算是不合法的。员工应当了解自己的合法权益，并在权益受损时积极采取措施保护自己。如果你在这方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。