结论：请病假期间，用人单位扣减底薪（即基本工资部分）是否合法，主要取决于其是否符合相关法律法规、劳动合同约定以及企业内部规章制度的规定。若符合相关规定，则扣减行为合法；反之，则为不合法。下面我将从多个角度为您详细分析：
合法扣减底薪的情况
符合法定标准：
- 根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，职工患病或非因工负伤治疗期间，企业应按有关规定支付其病假工资或疾病救济费。
- 病假工资或疾病救济费可以低于当地最低工资标准支付，但不能低于最低工资标准的80%。若企业按照这一标准扣减病假职工的底薪（在整体工资结构中，底薪作为工资的一部分，其扣减后整体工资仍需满足上述标准），则是合法的。
- 举例：假设某员工月工资由底薪3000元和绩效奖金2000元组成，当地最低工资标准为2000元。若该员工请病假，企业按照规定支付其病假工资为底薪的60%（即1800元）加上部分绩效奖金（假设为500元），整体工资为2300元，高于最低工资标准的80%（即1600元），则这种扣减方式是合法的。但更常见的做法是，直接确保病假期间的整体工资不低于最低工资标准的80%，而不对底薪和绩效奖金进行单独区分扣减，只要整体满足即可。不过，若企业明确底薪就是病假期间应支付的工资（且不低于最低工资标准的80%），那么直接扣减底薪至该标准也是合法的。
企业内部规章制度：
- 若单位依法制定的规章制度中明确规定了请病假的扣薪标准（包括底薪的扣减），且该标准不低于当地最低工资标准的一定比例（通常为80%），同时规章制度的制定需经过民主程序并向劳动者公示，那么企业按照规章制度扣减病假底薪也是合法的。
劳动合同或集体合同约定：
- 如果劳动合同或集体合同中有关于病假工资的明确约定，且约定标准高于法定标准或企业内部规章制度标准，企业应当按照约定执行。此时的扣减行为（若涉及底薪，也需确保整体工资满足法定标准）也是合法的。
不合法扣减底薪的情况
低于法定标准：
- 如果企业扣减病假职工的底薪后，整体工资低于当地最低工资标准的80%，则这种行为是不合法的。
无规章制度或未公示：
- 如果单位没有相关规章制度，或者规章制度的制定未经过民主程序且未向劳动者公示，就随意扣发病假底薪，这也是违法的。
违反劳动合同或集体合同：
- 如果企业违反劳动合同或集体合同中关于病假工资的明确约定，扣减病假底薪，则同样是不合法的。
无故克扣工资：
- 如果员工请病假期间，公司未按照法律法规或劳动合同约定支付工资，而是无故克扣员工应得的底薪（如将底薪全部扣除或按事假标准扣底薪等），这种行为也是不合法的。
应对措施与建议
- 与用人单位协商：劳动者在认为用人单位扣病假底薪行为违法时，首先应与用人单位协商沟通，要求其按照规定支付工资。
- 投诉与仲裁：若协商不成，劳动者可以向当地劳动监察部门投诉，或者申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。
- 保留证据：在此过程中，劳动者应保留好相关证据，如病假条、工资条、劳动合同等，以便在需要时提供证明。
总结：请病假期间用人单位扣减底薪是否合法，需根据具体情况综合判断。作为劳动者，应了解自身权益，并在必要时通过法律途径维护自己的合法权益。如果您对此有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。