结论：公司协商社保补偿金是否合法需分情况讨论，具体如下：

1. 若协商内容是补缴社保而非替代社保缴纳义务，则合法
   根据《社会保险法》第58条、第60条，用人单位必须自用工之日起30日内为员工办理社保登记，并按时足额缴纳社保费用，这是法定义务，不得通过协商免除。若员工发现公司未缴或欠缴社保，双方协商由公司补缴社保（包括补缴本金及可能产生的滞纳金），这种协商是合法的，属于对违法行为的纠正。

2. 若协商内容是以现金补偿替代社保缴纳义务，则违法
   实践中，部分公司为降低成本，会与员工协商“不缴社保，每月发放现金补贴”。这种行为违反《社会保险法》的强制性规定，即使员工自愿签署放弃社保的协议，该协议也因违反法律强制性规定而无效。员工仍有权要求公司补缴社保，且公司可能面临社保部门责令补缴、加收滞纳金（每日万分之五）、甚至罚款（欠缴数额1-3倍）的行政处罚；若员工因此无法享受社保待遇（如医疗报销、养老金等），公司还需承担赔偿责任。

特殊提醒：

• 员工需注意证据留存：若公司未缴社保，员工可保留劳动合同、工资条、工作证等证明劳动关系的材料，向当地社保部门投诉或申请劳动仲裁，要求公司补缴。
  
• 公司需警惕风险：即使员工主动要求不缴社保，公司也不能免责，因社保缴纳是法定义务，不因员工“自愿”而合法化。
  

若您遇到公司协商社保补偿金的具体纠纷（如公司拒绝补缴、已签署放弃协议等），可直接向我咨询，我会结合您的具体情况分析维权路径。