在职期间申请劳动仲裁，公司是否会和你协商，并没有一个固定的答案，这取决于多种因素。以下是从不同角度进行的详细分析：

1. 公司可能选择协商的情况：

   • 意识到自身问题：如果公司在仲裁过程中或之前已经意识到自身存在违反法律法规或劳动合同约定的行为，且败诉风险较高，为了避免更不利的仲裁结果（如支付高额经济补偿、赔偿金以及声誉损失），公司可能会主动寻求与劳动者协商，以争取更有利的解决方案。
   • 节省成本与资源：仲裁程序往往耗时耗力，包括聘请律师、准备证据等费用。如果公司认为通过协商能够以较低成本快速解决纠纷，避免后续可能的诉讼程序，那么协商将是一个更吸引人的选择。
   • 维护合作关系与企业形象：对于公司业务有重要影响的劳动者，或者公司为了保持良好企业形象和员工口碑，可能会选择协商，以避免与员工关系进一步恶化，从而维护双方的合作关系。
   • 法律程序的灵活性：尽管仲裁裁决具有法律效力，但双方仍有协商的空间。协商可以更加灵活地满足双方需求，避免法律程序的僵化和对抗性，实现和谐解决。

2. 公司可能不选择协商的情况：

   • 对仲裁结果有信心：如果公司坚信自己在劳动纠纷中有充分的证据和法律依据，能够赢得仲裁，那么它可能不会主动寻求协商，而是等待仲裁机构作出对自己有利的裁决。
   • 企业管理风格与文化：部分公司管理风格强硬，或企业文化中坚持原则，不愿意轻易与员工协商妥协。在这种情况下，即使面临仲裁，公司也可能坚持走完整的法律程序。
   • 执行仲裁裁决的准备：如果公司对仲裁结果表示满意，并准备严格执行，那么协商的可能性就会降低。公司可能会认为没有必要再通过协商来改变已经确定的法律结果。

给你的建议：

• 在职期间申请劳动仲裁前，建议你先尝试与公司进行友好沟通，看是否能够达成和解，以避免不必要的法律程序。
• 如果公司拒绝协商或协商无果，你可以依法向劳动仲裁机构申请仲裁。在仲裁过程中，保持冷静和理性，提供充分的证据支持你的主张。
• 无论仲裁结果如何，都建议你保持开放和理性的沟通态度。如果仲裁后公司愿意协商，你可以根据自身情况理性评估协商的利弊，考虑是否接受协商以及提出合理的协商方案。

可能涉及的法律后果：

• 如果仲裁裁决对你有利，而公司拒绝执行，你可以依法向人民法院申请强制执行。
• 如果仲裁裁决对公司有利，而你拒绝执行，公司同样可以依法向人民法院申请强制执行，且你可能需要承担因此产生的额外费用（如执行费、迟延履行金等）。

总之，在职期间申请劳动仲裁后公司是否会协商，取决于多种因素。作为劳动者，你应该根据自身情况理性评估并做出决策。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。