公司分批次补缴住房公积金是否合法，需结合具体情况判断，关键在于是否符合“足额、按时”的法定要求。以下分情况详细说明：

1. 若分批次补缴是因公司资金困难，且已与公积金中心协商并获批

根据《住房公积金管理条例》第20条，单位应“按时、足额”缴存住房公积金。若公司因经营困难无法一次性补缴，可向当地住房公积金管理中心申请缓缴或分期补缴，需满足以下条件：

• 程序合法：需提交书面申请，说明困难原因及补缴计划，并经公积金中心审核批准；
  
• 期限合理：缓缴或分期期限一般不超过1年，且需在期限内按计划补缴；
  
• 无恶意拖欠：公司需证明非主观故意不缴，且已采取积极措施（如裁员、降薪等）维持运营。
  若符合上述条件，分批次补缴合法；否则可能被认定为“未依法缴存”，面临行政处罚（如罚款、强制划拨）或员工投诉。

2. 若公司未经批准自行分批次补缴，或补缴金额不足

即使公司声称“分批次补缴”，若未满足以下条件，仍属违法：

• 未足额补缴：补缴金额需覆盖欠缴期间员工工资总额的5%-12%（具体比例由当地规定）；
  
• 未按时补缴：欠缴期间应自发生之日起30日内补缴，逾期未补的需支付滞纳金（日万分之五）；
  
• 未告知员工：公司需向员工说明补缴计划，保障其知情权。
  此类行为可能引发员工投诉或劳动仲裁，要求公司补缴差额并赔偿损失。

3. 员工如何维权？

若公司分批次补缴不符合法定要求，员工可采取以下措施：

• 向公积金中心投诉：要求核查公司缴存记录，责令限期补缴；
  
• 申请劳动仲裁：以“未依法缴纳社保（含公积金）”为由解除劳动合同，并主张经济补偿；
  
• 提起行政诉讼：若对公积金中心处理结果不服，可向法院起诉。
  

建议：公司若需分批次补缴，应提前与公积金中心沟通并制定合规计划；员工若发现公司违法，可先协商，协商不成再通过法律途径解决。如有具体案例或细节需要分析，欢迎进一步向我咨询。