结论：公司单独给一个员工交补充公积金是否合法，需分情况讨论，具体分析如下：

1. 若符合当地政策且程序合法，则合法
   补充公积金的缴纳通常需以地方政策为依据。例如，上海、天津等部分城市允许企业根据自身经营状况，在完成法定公积金（5%-12%）缴纳后，自愿为员工缴纳补充公积金，但需满足以下条件：

   • 政策允许：企业所在地的住房公积金管理中心明确允许补充公积金制度（如天津规定补充公积金缴存比例最高可达30%）；
     
   • 程序合规：企业需与员工签订书面协议，明确补充公积金的缴存比例、方式及期限，并报当地公积金管理中心备案；
     
   • 公平性：若企业仅针对特定员工（如高管、核心技术人员）缴纳补充公积金，需有合理理由（如岗位特殊性、绩效奖励等），且不违反反歧视原则（如性别、年龄等非工作相关因素）。
     示例：天津某企业为激励技术团队，与员工约定按工资的20%缴纳补充公积金，并完成备案，此行为合法。

2. 若违反公平原则或地方政策，则可能违法

   • 显失公平：若企业无正当理由仅对个别员工缴纳补充公积金，而其他员工无此待遇，可能构成对其他员工的权益侵害，引发劳动争议；
     
   • 政策禁止：若企业所在地明确禁止补充公积金制度（如部分城市未出台相关政策），则企业擅自缴纳可能面临公积金管理中心的整改要求；
     
   • 逃避法定义务：若企业通过补充公积金形式变相降低法定公积金缴纳比例（如将本应缴纳的法定公积金部分转为补充公积金），则涉嫌违法。
     示例：北京某企业未缴纳法定公积金，却以“补充公积金”名义每月给高管发放现金，此行为违法。

建议：

• 企业若计划为特定员工缴纳补充公积金，应先咨询当地公积金管理中心，确认政策允许性；
  
• 制定内部制度时，需明确补充公积金的适用范围、条件及程序，避免歧视性条款；
  
• 员工若认为企业行为违法，可向当地公积金管理中心投诉或申请劳动仲裁。
  

如有进一步疑问，可直接向我咨询具体操作细节。