若村集体水库承包合同不合法，可按以下步骤处理：

1. 确认合同不合法的具体情形

   • 主体不适格：检查发包方是否为村集体合法组织（如村委会），是否经村民会议或村民代表会议授权。承包方是否具备民事行为能力（如自然人需年满18周岁，法人需合法登记）。
   • 程序违法：核查承包过程是否履行法定程序，例如是否经过村民会议三分之二以上成员或村民代表同意（《村民委员会组织法》第24条），是否进行公开招标或拍卖（《农村土地承包法》第48条）。
   • 内容违法：确认合同条款是否违反法律强制性规定，如承包期限超过法定上限（水库承包期一般不超过30年），或约定禁止转包、抵押等限制承包方权利的内容。

2. 采取针对性救济措施

   • 协商撤销或修改合同：若违法情形较轻（如程序瑕疵但未损害集体利益），可要求双方协商撤销原合同并重新签订，或通过补充协议修正违法条款。
   • 申请行政确认无效：向乡镇政府或县级农业农村部门申请确认合同无效（《民法典》第154条），需提交证据证明合同存在恶意串通、损害集体利益等情形。
   • 提起民事诉讼：若协商或行政途径无效，可向法院起诉请求确认合同无效（《民法典》第153条），需准备村民会议记录、承包程序文件等证据，注意诉讼时效为3年（自知道或应当知道权利受损之日起算）。

3. 后续处理与风险防范

   • 恢复原状：合同被确认无效后，承包方应返还水库管理权，村集体需退还已收取的承包费（扣除实际使用期间的合理费用）。
   • 损失赔偿：若因合同违法导致一方受损（如村集体因低价发包遭受损失），可要求过错方赔偿（《民法典》第157条），需举证证明损失金额与违法行为的因果关系。
   • 完善承包程序：重新发包时需严格履行民主议定程序，通过公开竞标确定承包方，并签订书面合同明确双方权利义务，避免再次违法。

提示：处理此类纠纷需优先通过行政途径解决（成本低、效率高），若涉及重大利益或行政不作为，再启动诉讼程序。具体操作中建议委托律师协助收集证据、起草法律文书，以提高维权成功率。