结论：村集体水库承包未经过村民代表同意，这一行为是否合法主要取决于水库的所有权性质以及承包的具体程序。一般情况下，若水库属于村集体所有，未经村民代表同意的承包行为是不合法的。
一、水库所有权归属与承包程序
集体所有水库：
- 根据《中华人民共和国农村土地承包法》的相关规定，对于村集体所有的水库，承包方案必须依法经本集体经济组织成员的村民会议三分之二以上成员或者三分之二以上村民代表的同意。这是保障村民集体利益的重要民主决策程序。
- 若未经此程序，承包行为将被视为违法，可能导致承包合同无效，甚至引发法律纠纷。例如，如果村委会未经村民代表同意，擅自将村集体所有的水库承包给第三方，那么这一行为就违反了上述法律规定，村民有权要求撤销该承包合同。
国家所有水库：
- 对于国家所有的水库，承包时无需经过村民同意。这类水库的承包应按照招投标的方式进行，确保公平、公正和公开。
- 根据《中华人民共和国水法》，国家鼓励单位和个人依法开发、利用水资源，并保护其合法权益。对于适于水产养殖的国家所有水库，可向全民所有制单位、集体所有制单位和个人承包，但必须经过县级人民政府或其指定的渔业行政主管部门、水库管理部门的审批。
二、承包水库的用途限制与影响
- 用途明确：在承包水库时，应明确水库的主要用途，如防洪、发电、灌溉、供水、养殖、旅游等。这有助于确保承包方在合法范围内使用水库资源，避免对水库功能造成破坏。
- 保护村民利益：如果水库承包后的用途可能对村民的生产生活产生实质性影响，如改变水库用途进行大规模商业开发，可能影响村民的灌溉用水、周边生态环境等，那么就需要充分征求村民的意见，并获得大多数村民的同意。承包方应遵守相关法律法规，合理利用和保护水资源，不得进行破坏性开发，确保村民的合法权益不受侵害。
三、维权途径
对于村集体水库承包未经过村民代表同意的情况，村民可以通过以下途径维护自己的权益：
- 协商解决：首先尝试与村委会进行协商，要求停止侵权行为，并恢复原状。
- 人民政府处理：如果协商无果，可以向乡级人民政府或者县级以上人民政府提出申请，要求处理此争议。
- 司法途径：如果对人民政府的处理决定不服，可以在接到处理决定通知之日起三十日内向人民法院起诉。此外，如果村委会的行为造成了经济损失，还可以向人民法院提起民事诉讼，要求赔偿。
四、特殊情况或例外情形
尽管一般情况下未经村民代表同意的村集体水库承包是违法的，但也存在一些特殊情况或例外情形，如紧急情况或公共利益需要等。但这种情况必须是出于紧急且必要的原因，并且事后应当及时向村民说明情况，争取村民的理解和认可。不过，这种情况非常罕见，且需要严格的法律程序和审批。
总结与建议：村集体水库承包未经过村民代表同意，这一行为是否合法主要取决于水库的所有权性质以及承包的具体程序。在实际操作中，应严格遵守相关法律法规，确保承包程序的合法性和公正性。对于可能涉及村民利益的承包项目，应充分征求村民意见，并获得大多数村民的同意，以避免潜在的法律风险和社会矛盾。如果村民发现村委会存在未经同意擅自承包村集体水库的行为，应及时采取措施维护自己的权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。