针对您提出的“涉法涉诉投诉公安机关程序违法，12389应不应该给予当事人书面回复”的问题，我的结论是：12389作为公安机关的举报投诉平台，在收到涉法涉诉投诉公安机关程序违法的举报后，应当给予当事人书面回复，但具体回复形式和内容可能因实际情况和规定而有所差异。以下是我从多个角度进行的详细分析：

一、法律依据与规定

1. 《公安机关督察条例》：该条例明确规定了公安机关督察机构对公安机关及其人民警察依法履行职责、行使职权和遵守纪律的情况进行现场督察，并有权对督察中发现的问题提出纠正意见或建议。虽然该条例未直接规定12389必须给予书面回复，但督察机构在处理投诉时，通常会遵循公正、公开、及时的原则，对投诉人的合理诉求给予回应。

2. 《政府信息公开条例》（虽不直接针对12389，但提供了政府信息公开的一般原则）：该条例强调了政府信息的公开性和透明度，要求政府机关在履行职责过程中制作或获取的信息，除依法应保密的外，应予以公开。虽然12389的回复不完全等同于政府信息公开，但回复投诉人的行为体现了政府机关对公众监督的回应和尊重。

3. 公安机关内部规定：公安机关内部可能有关于12389举报投诉处理的具体规定，这些规定通常会明确回复投诉人的方式、时限和内容等。虽然这些规定可能因地区和层级而异，但普遍原则是保障投诉人的知情权。

二、实际操作与惯例

1. 书面回复的普遍性：在实际操作中，12389作为公安机关的举报投诉平台，为了保障投诉人的权益和确保投诉处理的透明度，通常会给予投诉人书面回复。这种回复可能包括投诉的受理情况、调查过程、处理结果以及投诉人的权利救济途径等。

2. 回复内容的详细性：书面回复的内容通常较为详细，旨在让投诉人了解投诉处理的整个过程和结果。如果投诉涉及公安机关程序违法，回复中可能会明确指出违法之处、处理依据以及改进措施等。

3. 回复的及时性：公安机关在处理12389举报投诉时，通常会遵循及时性的原则，尽快给予投诉人回复。这有助于维护公安机关的公信力和形象，同时也有助于及时化解社会矛盾。

三、特殊情况与例外

1. 匿名投诉：如果投诉人是匿名的，12389可能无法直接给予书面回复。但公安机关仍会依法对投诉内容进行调查处理，并在必要时通过其他方式（如公告）向社会公布处理结果。

2. 涉及国家秘密或个人隐私：如果投诉内容涉及国家秘密或个人隐私，12389在回复时可能会进行适当处理，以保护相关信息的保密性。但这并不意味着投诉人无法得知处理结果，公安机关仍会通过合法途径向投诉人通报处理情况。

四、建议与提醒

1. 保留证据：如果您向12389投诉公安机关程序违法，建议保留好相关证据（如投诉材料、回复记录等），以便在必要时维护自己的权益。

2. 关注回复时限：虽然具体回复时限可能因地区和层级而异，但您可以关注公安机关的回复时限要求，确保自己的投诉得到及时处理。

3. 寻求法律援助：如果您对12389的回复不满意或认为自己的权益受到侵害，可以寻求法律援助或向相关部门进一步投诉。

综上所述，12389作为公安机关的举报投诉平台，在收到涉法涉诉投诉公安机关程序违法的举报后，应当给予当事人书面回复。但具体回复形式和内容可能因实际情况和规定而有所差异。如果您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。