结论：行政机关用电话回复书面履职申请，并不直接构成违法，但需根据具体情况判断其是否满足法定要求及程序正当性。以下从多个角度进行详细分析：

1. 法定回复形式的要求：

   • 在一般情况下，法律并未明确规定行政机关对书面履职申请的回复必须采用书面形式。行政机关选择电话回复，从形式上看，并不直接违反法律规定。
   • 然而，若相关法律法规或规章对回复形式有特别要求（如必须书面回复），则行政机关应遵守这些规定。例如，在某些涉及重大权益或需要详细说明理由的场合，书面回复可能更为合适，以确保信息的准确性和可追溯性。

2. 程序正当性的考量：

   • 即使法律未明确规定回复形式，行政机关在回复时也应遵循程序正当性原则。这包括确保申请人能够充分理解回复内容、回复内容应明确具体、以及回复过程应公开透明等。
   • 电话回复可能存在信息传达不准确、不完整或难以留存证据等问题。因此，在电话回复后，行政机关最好能通过书面形式（如邮件、信函等）对回复内容进行确认或补充，以确保程序的正当性和信息的准确性。

3. 申请人权益的保障：

   • 申请人有权要求行政机关对其书面履职申请给予认真、负责的回复。如果申请人认为电话回复未能充分满足其需求或存在疑问，可以要求行政机关提供书面回复或进一步解释说明。
   • 若行政机关拒绝提供书面回复或解释说明，且申请人认为其权益受到侵害，可以通过行政复议或行政诉讼等途径寻求救济。

4. 实际操作中的建议：

   • 对于行政机关而言，为了确保程序的正当性和避免不必要的纠纷，建议在收到书面履职申请后，尽量采用书面形式进行回复。如果确实需要电话回复，也应在电话沟通后及时通过书面形式对回复内容进行确认或补充。
   • 对于申请人而言，如果收到的是电话回复且对其内容存在疑问或不满，可以及时向行政机关提出书面异议或要求进一步解释说明。同时，也可以保留好相关证据（如通话记录、短信等），以备不时之需。

总结与建议：行政机关用电话回复书面履职申请并不直接违法，但需根据具体情况判断其是否满足法定要求及程序正当性。为了确保程序的正当性和信息的准确性，建议行政机关尽量采用书面形式进行回复。如果申请人对电话回复存在疑问或不满，可以及时向行政机关提出异议或要求进一步解释说明。如有任何法律疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。