结论：公司扣你331.5元病假工资的计算方式可能存在问题，具体是否合理需结合你的工资结构、公司规章制度以及当地病假工资支付规定来判断。以下为你详细分析：
一、病假工资的一般计算原则
根据《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》以及各地关于病假工资的具体规定，病假工资通常按照以下原则计算：
- 连续工龄与病假工资比例：
- 连续工龄不满2年的，按本人工资的60%计发；
- 连续工龄满2年不满4年的，按本人工资的70%计发；
- （其他工龄段的计发比例此处虽未直接涉及，但为全面理解可一并知晓，如满4年不满6年的按80%计发，以此类推）
你工作不到两年，因此若适用此原则，病假工资应为你本人工资的60%。
- 病假工资不得低于当地最低工资标准的80%：
- 这是病假工资的底线，即使按照上述比例计算出的病假工资低于此标准，也应按照最低工资标准的80%支付。
二、具体计算过程及可能的问题
假设按照60%比例计算：
- 你的月工资为3800元，病假3天，则病假工资应为：\(3800 \times 60\% \div 21.75 \times 3 \approx 314.48\)元（这里21.75是月计薪天数，按照劳动和社会保障部《关于职工全年月平均工作时间和工资折算问题的通知》计算）。
- 公司扣你331.5元，若这是从你应发工资中扣除的病假期间未工作部分的工资，则实际支付给你的病假工资应为\(3800 - 331.5 = 3468.5\)元中的病假部分（但这样计算方式不直观，且通常我们直接计算病假应得工资）。若理解为公司直接扣除了331.5元作为病假期间的“损失”，则这种计算方式显然与60%的比例不符。
可能的问题：
- 公司规章制度：公司可能有自己的病假工资计算规定，但该规定不得低于法定标准。若公司规定低于法定标准，则该规定无效。
- 工资结构：如果你的工资中包含奖金、津贴等非固定部分，公司在计算病假工资时可能只考虑了基本工资部分，这也可能导致计算出的病假工资与预期不符。
- 计算错误：公司可能在计算病假工资时出现了数学错误或理解错误。
三、建议
- 核查公司规章制度：查看公司关于病假工资的具体规定，确认是否低于法定标准。
- 与公司沟通：向公司人力资源部门或财务部门了解病假工资的具体计算方式，要求公司给出详细的计算过程和依据。
- 咨询当地劳动部门：若与公司沟通无果，可向当地劳动保障部门咨询病假工资的支付标准，并寻求帮助。
- 保留证据：保留好工资条、病假证明等相关证据，以备不时之需。
最后，病假工资的计算涉及多个因素，包括你的工资结构、公司规章制度以及当地病假工资支付规定等。若你对公司的计算方式有疑问，建议按照上述建议进行核查和沟通。如有进一步疑问或需要法律帮助，可直接向我咨询。