结论：挂靠项目是否需要扣工会经费和残保金，以及这种扣除是否合法，需根据具体情况和相关法律法规来判断。以下从不同角度进行分析：
一、工会经费的扣除与合法性
工会经费的缴纳义务：
- 根据《中华人民共和国工会法》及相关规定，建立工会组织的企业、事业单位、机关等单位，应按照每月全部职工工资总额的百分之二向工会拨缴经费。这是单位的法定义务。
挂靠项目中的工会经费：
- 如果挂靠项目被视为一个独立的经营实体或单位，且该实体或单位有职工并建立了工会组织，那么它应当按照法律规定缴纳工会经费。
- 如果挂靠项目并未独立核算或未建立工会组织，而是依附于被挂靠单位，那么工会经费的缴纳可能由被挂靠单位统一处理。
合法性判断：
- 如果挂靠项目符合缴纳工会经费的条件，且被挂靠单位或挂靠项目本身按照法律规定缴纳了工会经费，那么这种扣除是合法的。
- 如果未按照法律规定缴纳，或者挂靠项目并不符合缴纳条件而被强行扣除，那么这种扣除可能是不合法的。
二、残保金的扣除与合法性
残保金的缴纳义务：
- 根据《残疾人就业条例》及相关规定，用人单位应当按照一定比例安排残疾人就业，并为其提供适当的工种、岗位。未达到规定比例的用人单位，应当缴纳残疾人就业保障金（残保金）。
挂靠项目中的残保金：
- 类似于工会经费，如果挂靠项目被视为一个独立的经营实体或单位，且该实体或单位有职工，那么它应当按照法律规定缴纳残保金（如果未达到安排残疾人就业的比例）。
- 如果挂靠项目并未独立核算或未作为独立的用人单位，那么残保金的缴纳可能由被挂靠单位统一处理。
合法性判断：
- 如果挂靠项目符合缴纳残保金的条件，且被挂靠单位或挂靠项目本身按照法律规定缴纳了残保金，那么这种扣除是合法的。
- 如果未按照法律规定缴纳，或者挂靠项目并不符合缴纳条件而被强行扣除，那么这种扣除同样可能是不合法的。
三、综合建议
核实挂靠项目的性质：
- 首先需要明确挂靠项目是否被视为一个独立的经营实体或单位，以及它是否有职工和是否建立了工会组织。
了解相关法律法规：
- 仔细研究《中华人民共和国工会法》、《残疾人就业条例》等相关法律法规，了解工会经费和残保金的缴纳义务和条件。
咨询专业意见：
- 如果对挂靠项目是否需要缴纳工会经费和残保金存在疑问，或者认为扣除行为可能不合法，建议咨询专业律师或相关税务部门以获取准确意见。
保留相关证据：
- 在处理此类问题时，务必保留好相关证据，如合同、发票、缴纳凭证等，以便在需要时证明自己的权益。
最后，挂靠项目是否需要扣工会经费和残保金，以及这种扣除是否合法，需根据具体情况和相关法律法规来判断。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。