结论前置：合同中约定加班两小时才有加班费，这一条款是否合法，需分情况讨论。一般情况下，只要加班费的计算方式和支付时间符合法律规定，且是双方真实意思表示，该条款是合法的；但如果该条款违反了法律的强制性规定，如未按照法定标准支付加班费，则是不合法的。以下为详细分析：
一、合法性分析
双方真实意思表示：
- 劳动合同是劳动者与用人单位之间确立劳动关系、明确双方权利和义务的协议。根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，劳动合同的订立应当遵循合法、公平、平等自愿、协商一致、诚实信用的原则。
- 如果合同中关于加班两小时才有加班费的条款是双方真实意思表示，且没有违反法律的强制性规定，那么该条款在形式上是合法的。
加班费的计算与支付：
- 加班费是劳动者在超出正常工作时间后工作所应得的额外报酬。根据《中华人民共和国劳动法》的规定，用人单位安排劳动者延长工作时间的，应支付不低于工资的百分之一百五十的工资报酬；休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，应支付不低于工资的百分之二百的工资报酬；法定休假日安排劳动者工作的，应支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。
- 如果合同中约定的加班两小时才有加班费，但加班费的计算方式和支付时间符合上述法律规定，那么该条款在实质上也是合法的。例如，合同可能规定，加班两小时后，按照法定标准支付加班费，这样的条款就是合法的。
违反法律强制性规定的情形：
- 如果合同中约定的加班两小时才有加班费，但加班费的计算方式或支付时间违反了法律的强制性规定，如未按照法定标准支付加班费，或者以其他方式剥夺了劳动者应得的加班费，那么该条款就是不合法的。
- 例如，合同可能规定，加班两小时后只支付正常工资，而不支付加班费，或者加班费的支付时间远超过法定支付期限，这样的条款就是违法的。
二、法律建议
审查合同条款：
- 劳动者在签订劳动合同时，应仔细审查合同中关于加班费的条款，确保加班费的计算方式和支付时间符合法律规定。
保留证据：
- 劳动者在加班时，应保留好相关证据，如加班通知、加班记录、工资条等，以便在发生纠纷时证明自己的加班事实和应得的加班费。
及时维权：
- 如果劳动者发现用人单位未按照合同约定或法律规定支付加班费，应及时向用人单位提出异议，并要求用人单位支付应得的加班费。如果用人单位拒绝支付，劳动者可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。
举例说明：假设劳动者小张与用人单位签订的劳动合同中约定，加班两小时后才有加班费，且加班费按照法定标准支付。如果小张在周末加班了四小时，那么根据合同约定和法律规定，他应获得两小时的加班费（因为前两小时可能被视为正常工作时间的延伸，但具体需看合同如何约定，此处仅为示例）。如果用人单位未支付加班费，小张就有权要求用人单位支付。
总结：合同中约定加班两小时才有加班费，其合法性取决于加班费的计算方式和支付时间是否符合法律规定，以及是否是双方真实意思表示。劳动者在签订劳动合同时应仔细审查合同条款，并在加班时保留好相关证据，以便在发生纠纷时维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。