当遇到员工不来办理离职手续的情况时，公司应当采取一系列谨慎且合法的措施来处理，以避免潜在的法律风险。以下是我为您详细梳理的处理流程和建议：
一、主动联系员工并通知限期返岗
核查考勤记录：首先，公司应核查该员工的考勤记录，确认其确实存在未按规定履行请假手续而擅自离岗的情况，并固定相关旷工证据。
及时联系员工：人事部门或部门主管应及时通过电话、短信、微信或邮件等方式联系该员工，核实其未到岗的原因，并保留沟通的证据。在沟通中，应明确告知员工其无故缺勤的行为已违反公司规章制度，并要求其立即返岗或完善请假手续。
发送书面通知：若员工未回应或拒绝返岗，公司应向员工发送书面通知，要求其在规定期限内返岗，并说明无故缺勤的后果。通知应明确送达地址，优先选择劳动合同等入职资料上填写的地址，其次为双方往来函件中约定的其他地址、户籍登记住所或经常居住地住址。
二、根据公司规章制度处理旷工行为
依据规章制度：若员工在收到通知后仍未返岗，公司应根据自身规章制度中关于旷工的规定进行处理。通常，规章制度会规定旷工达到一定天数（如三天）即视为严重违反公司规章制度，公司有权解除劳动合同。
通知工会并征求意见：在决定解除劳动合同前，公司应事先将理由通知工会，并研究工会意见，将处理结果书面通知工会。这是遵循《劳动合同法》中关于公司单方面解除劳动合同应事先通知工会的规定。
三、办理离职手续并结清相关事宜
送达解除劳动合同书：公司应向员工送达《解除劳动合同书》，明确解除劳动合同的原因、日期及后续事宜，如办理离职交接手续、社保和档案转移手续、领取离职证明等。
结清工资和社保：公司应结清员工的工资，并办理好社保手续，确保员工的合法权益不受损害。
保留档案和资料：公司应保留好员工所有的档案及相关资料，如完备的考勤表、工资单、解除劳动合同书等，以备后续可能出现的法律纠纷。
四、注意事项
避免自动离职的误解：公司应明确，自动离职并非法律规定的解除劳动合同的方式。在员工不辞而别的情况下，公司不能单方面认为劳动关系自动解除，而应遵循合法的解除流程。
固定证据：在整个处理过程中，公司应注重固定相关证据，如考勤记录、沟通记录、书面通知等，以证明公司处理的合理性和合法性。
遵循法律法规：公司在处理员工不来办理离职手续的情况时，应严格遵守《劳动合同法》等相关法律法规的规定，确保公司的行为合法合规。
综上所述，当遇到员工不来办理离职手续的情况时，公司应主动联系员工并通知限期返岗，根据公司规章制度处理旷工行为，办理离职手续并结清相关事宜，同时注重固定证据和遵循法律法规。这样既能维护公司的合法权益，又能避免潜在的法律风险。