结论：员工入职几年后单位查到其文凭是假的，单位是否会开除处理，这取决于多种因素，包括公司的规章制度、劳动合同的约定以及相关法律法规的规定。以下从不同角度进行分析：
一、公司规章制度与劳动合同的约定
公司规章制度：
- 如果公司的规章制度中明确规定了提供虚假学历属于严重违反公司规定的行为，并且公司有权因此解除劳动合同，那么单位在查实后有权依据规章制度开除员工。
- 规章制度应当经过民主程序制定，并且已经向员工公示或告知，否则可能不具备法律效力。
劳动合同的约定：
- 如果劳动合同中明确约定了员工必须提供真实的学历信息，并且违反此约定将构成违约，公司有权解除劳动合同，那么单位同样有权依据合同约定开除员工。
二、相关法律法规的规定
《劳动合同法》的相关规定：
- 根据《劳动合同法》第三十九条，劳动者严重违反用人单位的规章制度的，用人单位可以解除劳动合同。如果提供虚假学历被认定为严重违反规章制度，单位有权开除。
- 同时，如果劳动者以欺诈、胁迫的手段或者乘人之危，使对方在违背真实意思的情况下订立或者变更劳动合同，致使劳动合同无效的，用人单位也有权解除劳动合同。提供虚假学历可能构成欺诈，导致劳动合同无效。
其他相关法律法规：
- 除了《劳动合同法》外，还可能涉及《劳动法》、《就业促进法》等相关法律法规，但这些法律法规主要关注的是就业平等、反歧视等方面，对于提供虚假学历的具体处理可能并未直接规定。
三、实际操作中的考虑因素
证据的充分性：
- 单位在开除员工前，必须确保有充分的证据证明员工提供了虚假学历。这可能包括学历证书的原件、复印件、验证报告等。
开除程序的合法性：
- 单位在开除员工时，必须遵循合法的程序，如提前通知、听取员工申辩、出具书面解除通知等。如果程序不合法，员工可能有权要求继续履行劳动合同或获得赔偿。
员工的反应与应对：
- 员工在得知被开除后，可能会采取法律手段维护自己的权益。因此，单位在开除前应充分考虑员工的可能反应，并做好相应的应对准备。
四、建议与风险提示
对于单位：
- 在招聘时，应加强对员工学历的审核力度，如通过学信网等官方渠道进行验证。
- 在规章制度中明确规定提供虚假学历的后果，并确保规章制度经过民主程序制定且已向员工公示或告知。
- 在开除员工前，确保有充分的证据和合法的程序。
对于员工：
- 应诚实提供自己的学历信息，避免提供虚假学历。
- 如果因特殊原因提供了虚假学历，应尽快向单位说明情况并寻求解决方案。
- 如果被单位开除，应了解自己的权益并考虑是否采取法律手段维护自己的权益。
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