结论：若建设工程合同中已明确约定仲裁条款，但一方仍向法院提起诉讼，法院在受理后会审查仲裁协议的有效性。若仲裁协议有效，法院将裁定驳回起诉，告知当事人向仲裁机构申请仲裁；若仲裁协议存在无效情形，法院则会继续审理该案件。

详细分析：

1. 仲裁协议的效力审查：

   • 根据《中华人民共和国仲裁法》的相关规定，当事人达成仲裁协议，一方向人民法院起诉的，人民法院不予受理，但仲裁协议无效的除外。这意味着，如果合同中存在有效的仲裁条款，且该条款符合法定形式和内容要求，那么当事人应当通过仲裁方式解决纠纷，而非诉讼。
   • 仲裁协议的有效性审查主要包括：协议是否具备书面形式、是否明确约定了仲裁事项和选定的仲裁委员会、是否属于当事人真实意思表示等。若仲裁协议存在上述任一无效情形，法院将认定其无效，并继续审理案件。

2. 法院的处理方式：

   • 驳回起诉：若法院经审查认为仲裁协议有效，且纠纷属于仲裁协议约定的范围，法院将裁定驳回原告的起诉，并告知当事人向仲裁机构申请仲裁。这是法院对仲裁协议效力的尊重，也是维护仲裁制度独立性和权威性的体现。
   • 继续审理：若法院经审查认为仲裁协议无效，或者虽然有效但纠纷不属于仲裁协议约定的范围，法院将依法继续审理该案件。此时，当事人需要按照法院的诉讼程序进行应诉和答辩。

3. 当事人的应对策略：

   • 对于提起诉讼的一方：在提起诉讼前，应仔细审查合同中的仲裁条款，确保不存在有效仲裁协议。若存在有效仲裁协议，且希望通过诉讼解决纠纷，可以考虑与对方协商修改合同或达成补充协议，废除原仲裁条款。
   • 对于被起诉的一方：若收到法院传票后发现合同中存在有效仲裁条款，应及时向法院提出管辖权异议，并提交仲裁协议作为证据。同时，也可以考虑与对方协商，引导其向仲裁机构申请仲裁。

建议：

• 在签订建设工程合同时，双方应明确约定纠纷解决方式，并确保仲裁条款或诉讼条款的合法性和有效性。
• 若合同中已约定仲裁条款，但一方仍坚持向法院提起诉讼，另一方应及时向法院提出管辖权异议，以维护自身合法权益。
• 在整个过程中，建议当事人咨询专业律师，以获取更具体、更专业的法律建议和指导。

如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律分析和建议。