结论：工程合同中约定了仲裁条款的，一般不能直接起诉，但在特定条件下可以向法院起诉。
详细分析：
仲裁条款有效的情况
- 基本原则：根据《中华人民共和国仲裁法》的相关规定，如果工程合同中明确约定了仲裁条款，且该条款有效，那么当事人应当遵守该约定，将争议提交给约定的仲裁机构进行仲裁。在这种情况下，一方向人民法院起诉的，人民法院通常不予受理。
- 仲裁条款有效性的判断标准：一个有效的仲裁条款通常应包含明确的请求仲裁的意思表示、具体的仲裁事项以及选定的仲裁委员会。例如，合同中明确写明“双方因本合同产生的一切争议，均提交[具体仲裁委员会名称]仲裁解决”，这样的仲裁条款通常是有效的。
- 法律后果：如果一方违反仲裁协议向法院起诉，而另一方在法院首次开庭前提交仲裁协议的，法院应当驳回原告的起诉。
仲裁条款无效或存在特殊情况的情况
- 无效情形：根据《中华人民共和国仲裁法》第十七条规定，仲裁协议在以下情形下无效：约定的仲裁事项超出法律规定的仲裁范围的；无民事行为能力人或者限制民事行为能力人订立的仲裁协议；一方采取胁迫手段，迫使对方订立仲裁协议的。此外，如果仲裁协议对仲裁事项或者仲裁委员会没有约定或者约定不明确，且当事人无法达成补充协议，那么该仲裁条款也视为无效。
- 特殊情况下的起诉：除了仲裁条款无效的情况外，如果仲裁裁决被法院撤销或不予执行，当事人也可以就该纠纷向法院提起诉讼。例如，如果当事人有证据证明仲裁裁决存在法定可撤销或不予执行的情形（如没有仲裁协议、裁决的事项不属于仲裁协议的范围或仲裁委员会无权仲裁、仲裁庭的组成或仲裁程序违反法定程序等），可以向法院申请撤销仲裁裁决或申请不予执行仲裁裁决。
- 法律后果：当仲裁条款无效或存在上述特殊情况时，当事人有权向有管辖权的法院提起诉讼，以解决争议。
建议与总结：
在处理工程合同纠纷时，应当首先审查合同中的仲裁条款，确认其是否有效。如果仲裁条款有效，当事人应当遵守该约定，通过仲裁方式解决争议。如果仲裁条款无效或存在特殊情况，当事人则可以选择向法院提起诉讼。因此，在签订工程合同时，建议当事人仔细审查仲裁条款的有效性，并明确约定具体的仲裁事项和仲裁委员会，以确保自身权益得到妥善保护。同时，在发生纠纷时，也应根据实际情况选择合适的纠纷解决方式。
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