结论前置：合同中约定了仲裁条款后，一般情况下当事人应当通过仲裁解决争议，不能直接向法院起诉。但在特定特殊情况下，当事人仍然有权向法院提起诉讼。

一般情况：仲裁条款的效力与排除法院管辖权

当合同双方明确约定了有效的仲裁条款或仲裁协议时，根据仲裁的排他性原则，通常排除了法院对该纠纷的管辖权。这意味着，发生合同纠纷时，双方应首先遵循仲裁程序进行裁决。我国《仲裁法》第五条明确规定：“当事人达成仲裁协议，一方向人民法院起诉的，人民法院不予受理，但仲裁协议无效的除外。”这一规定体现了仲裁协议对法院管辖权的排除效力，是仲裁制度的基本原则之一。

特殊情况：可以向法院起诉的情形

尽管仲裁条款具有排除法院管辖权的效力，但在以下特殊情况下，当事人仍然可以向法院提起诉讼：

1. 仲裁条款无效：

   • 如果仲裁条款本身存在法定无效的情形，如约定的仲裁事项超出法律规定的仲裁范围、无民事行为能力人或限制民事行为能力人订立的仲裁协议、一方采取欺诈、胁迫手段迫使对方订立仲裁协议等，那么该仲裁条款自始无效，当事人可以向法院起诉。
   • 此外，如果仲裁协议对仲裁事项或仲裁委员会没有约定或约定不明确，且当事人无法达成补充协议，仲裁协议也可能被视为无效，此时当事人同样有权向法院提起诉讼。

2. 仲裁裁决被撤销或不予执行：

   • 仲裁裁决作出后，如果出现法定情形（如裁决违反公共利益、裁决所依据的证据是伪造的等），经过法定程序，仲裁裁决可能被人民法院撤销或裁定不予执行。
   • 在此情况下，当事人可以就该纠纷向法院提起诉讼，因为仲裁裁决已经失去了法律效力，需要通过其他途径解决争议。

3. 对方放弃仲裁协议：

   • 根据我国《仲裁法》第二十六条的规定，若一方在起诉时未声明有仲裁协议，而另一方在首次开庭前未对法院受理该案提出异议，则视为放弃仲裁协议。
   • 此时，法院可继续审理该案件，当事人因此获得了通过诉讼解决纠纷的权利。

注意事项与建议

• 诉讼时效：

  • 即便合同已约定了仲裁条款，但在特定情况下（如仲裁条款无效或对方放弃仲裁协议）当事人选择向法院起诉时，仍需注意诉讼时效的问题。我国《民法典》第一百八十八条规定，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年，但最长不超过二十年。因此，当事人应在诉讼时效期间内提起诉讼，以免丧失胜诉权。

• 准备起诉材料：

  • 若决定通过诉讼方式解决纠纷，当事人应准备充分的起诉状和相关证据，确保起诉符合《中华人民共和国民事诉讼法》规定的起诉条件。这有助于提高诉讼的成功率，维护自身合法权益。

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综上所述，合同中约定了仲裁条款后，当事人一般应通过仲裁解决争议。但在仲裁条款无效、仲裁裁决被撤销或不予执行、对方放弃仲裁协议等特殊情况下，当事人仍然有权向法院提起诉讼。在处理此类问题时，建议当事人根据具体情况灵活应对，确保自身权益得到有效维护。