绩效协议约定绩效年底一次性发放，这一做法本身并不直接违法，但具体是否合法需结合多种因素综合判断。以下从不同角度为你详细分析：
一、从劳动合同法的角度来看
根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位与劳动者应当遵循合法、公平、平等自愿、协商一致的原则订立劳动合同，且劳动合同的内容应当合法、有效。绩效工资作为工资的一部分，其发放方式和时间应当由用人单位与劳动者在劳动合同或绩效协议中明确约定。
如果绩效协议是双方真实意思的表示，且内容合法、有效：那么约定绩效年底一次性发放是合法的。这种情况下，用人单位按照协议约定在年底一次性发放绩效工资，不违反法律规定。
如果绩效协议存在违法情形：例如，协议中约定的绩效工资发放条件过于苛刻，导致劳动者几乎无法获得绩效工资；或者协议中存在其他违反法律、行政法规强制性规定的内容，那么该协议可能被认定为无效或部分无效。在这种情况下，用人单位按照无效协议约定发放绩效工资，就可能构成违法。
二、从工资支付规定的角度来看
根据《工资支付暂行规定》等相关规定，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。这里的“按月支付”通常指的是基本工资部分，对于绩效工资等奖金类收入，法律并未明确规定必须按月支付。
如果绩效工资属于奖金性质：且双方在劳动合同或绩效协议中明确约定了年底一次性发放，那么这种做法并不违反工资支付规定。
如果用人单位未按照约定时间支付绩效工资：例如，原本约定年底发放，但用人单位拖延至次年才发放，且没有正当理由，那么这种行为可能构成拖欠工资，劳动者有权要求用人单位支付拖欠的工资及可能产生的经济补偿。
三、从实际操作和劳动者权益保护的角度来看
对于劳动者而言：在签订绩效协议时，应仔细阅读协议内容，特别是关于绩效工资发放方式和时间的条款。如果认为协议中的条款不公平或存在违法情形，应及时与用人单位协商修改或拒绝签订。
对于用人单位而言：在制定绩效协议时，应确保协议内容合法、有效，并充分考虑劳动者的权益。避免制定过于苛刻的绩效工资发放条件，以免引发劳动纠纷。
建议：如果你作为劳动者，对绩效协议中的绩效工资发放条款有疑问或不满，建议先与用人单位进行沟通协商。如果协商无果，你可以向当地的劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。如果你作为用人单位，在制定绩效协议时遇到法律问题或需要法律帮助，也可以直接向我咨询，我会为你提供专业的法律意见。