结论前置：干两个月扣三个月的商保是否违法，需结合具体情况判断，但通常情况下，这种做法可能涉嫌违法，具体分析如下：

1. 从劳动合同和法律规定角度：

   • 根据《中华人民共和国劳动合同法》及相关规定，用人单位与劳动者建立劳动关系时，应当明确约定劳动报酬、社会保险等事项。商业保险虽然不属于法定社会保险范畴，但如果是用人单位作为福利为劳动者提供，并明确约定在劳动合同中，那么用人单位应当按照约定履行。
   • 若劳动合同中并未明确约定扣除三个月商保的条款，或者该条款违反了法律法规的强制性规定（如未经劳动者同意擅自扣除、扣除金额不合理等），则用人单位的行为可能构成违法。

2. 从实际扣除情况角度：

   • 劳动者仅工作了两个月，用人单位却扣除了三个月的商保费用，这明显超出了劳动者实际应承担的费用范围。除非有特别约定且该约定合法有效，否则用人单位无权要求劳动者承担超出其工作期限的商保费用。
   • 如果用人单位无法提供合法有效的扣除依据，或者扣除行为缺乏合理性，那么这种做法很可能被认定为违法。

3. 从劳动者权益保护角度：

   • 劳动者有权要求用人单位按照劳动合同约定和国家规定支付劳动报酬、提供社会保险等福利待遇。如果用人单位擅自扣除商保费用，损害了劳动者的合法权益，劳动者有权向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，要求用人单位返还被扣除的费用并承担相应的法律责任。

建议与行动：

• 核实劳动合同：首先，建议您仔细查阅与用人单位签订的劳动合同，确认其中是否包含关于商业保险的约定以及扣除方式等条款。
• 与用人单位沟通：如果发现劳动合同中并无相关约定或约定不明确，您可以与用人单位进行沟通，要求其说明扣除三个月商保费用的理由和依据。
• 寻求法律援助：如果沟通无果或用人单位无法提供合法有效的扣除依据，您可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。在此过程中，如有需要，您可以随时向我咨询相关法律问题。

可能法律后果：

• 如果用人单位的行为被认定为违法，其可能需要承担返还被扣除费用、支付赔偿金等法律责任。同时，劳动监察部门还可能对用人单位进行行政处罚，以维护劳动市场的秩序和劳动者的合法权益。