结论：公司扣除短期工（工作20多天且跨月）两个月的商业保险费用是否合法，需结合具体情况判断，但一般情况下，若未经员工同意或未在合同中明确约定，公司擅自扣除两个月商保费用可能不合法。以下从不同角度详细分析：

1. 商保费用的性质与扣除依据

• 商业保险（商保）通常属于公司为员工提供的福利，而非法定强制缴纳的费用（如社保）。公司若要扣除商保费用，需满足两个条件：

  • 员工同意：需通过书面合同、入职须知或员工签字确认等方式，明确约定商保费用的承担方式（如全额由公司承担、部分由员工承担等）。
  • 合理性与必要性：扣除的费用需与实际发生的商保成本一致，且不得超出合理范围。例如，若公司仅为员工购买一个月商保，却扣除两个月费用，则缺乏合理性。

• 若公司未与员工约定商保费用承担方式，或扣除费用超出实际成本，则可能构成违法扣除。

2. 跨月扣除的合法性分析

• 员工工作20多天且跨月，公司扣除两个月商保费用需满足：

  • 合同约定：若劳动合同或补充协议中明确约定“商保费用按自然月计算，即使员工未满月也按整月扣除”，则可能合法（但需注意条款是否显失公平）。
  • 实际服务期：若员工仅工作20多天，未享受第二个月的商保服务（如未发生保险事故、未实际参保），则扣除两个月费用缺乏依据。

• 若公司无法证明员工实际享受了两个月商保服务，或合同未明确约定跨月扣除规则，则扣除行为可能不合法。

3. 员工权益保护与维权建议

• 核查合同与规章制度：检查劳动合同、入职须知或公司规章制度中是否明确约定商保费用的承担方式及扣除规则。
• 与公司协商：若发现扣除不合理，可与公司协商要求退还多扣费用，或要求公司提供扣除依据（如保险单、缴费凭证等）。
• 投诉与仲裁：若协商无果，可向当地劳动监察部门投诉，或申请劳动仲裁，主张公司返还违法扣除的费用。

4. 特殊情况说明

• 试用期员工：若员工处于试用期，公司仍需遵守《劳动合同法》关于试用期工资、福利的规定，不得随意扣除费用。
• 非全日制员工：非全日制员工（如小时工）的商保费用承担方式需根据双方约定确定，但同样需遵循合法、合理原则。

总结：公司扣除短期工两个月商保费用是否合法，需结合合同约定、实际服务期及费用合理性综合判断。若公司无法提供合法依据，员工有权要求返还多扣费用。如有疑问，可直接向我咨询具体细节。