工厂仅通过短信通知员工旷工离职，这一做法是否合法，需分情况讨论：
若员工确实存在旷工行为，且工厂规章制度或劳动合同中有明确规定：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，劳动者严重违反用人单位的规章制度的，用人单位可以解除劳动合同。若工厂的规章制度或劳动合同中明确规定了旷工达到一定天数即视为严重违反规章制度，且该规章制度已经过民主程序制定并公示或告知劳动者，同时工厂能够提供员工旷工的证据（如考勤记录等），那么工厂在通知员工旷工离职时，若已按照法定程序（如提前通知工会等，若存在工会）进行，则仅通过短信通知员工旷工离职，在形式上虽非最严谨（如最好有书面解除劳动合同通知书并送达员工），但并不直接导致解除行为违法，不过从证据留存和程序严谨性角度，建议工厂采用更正式的方式通知。但需注意，若工厂未按照法定程序进行，如未提前通知工会（若应通知而未通知），则可能构成违法解除。
若员工并不存在旷工行为，或工厂规章制度或劳动合同中无相关规定：
- 若员工实际上并未旷工，或者工厂的规章制度或劳动合同中并未规定旷工达到一定天数即视为严重违反规章制度，那么工厂仅凭短信通知员工旷工离职，则缺乏法律依据，构成违法解除劳动合同。在此情况下，员工有权要求工厂继续履行劳动合同，或者要求工厂支付违法解除劳动合同的赔偿金。
法律建议：
- 对于工厂而言，在解除与员工的劳动合同时，应确保有充分的证据证明员工存在严重违反规章制度的行为，且应按照法定程序进行，如提前通知工会（若存在工会）、出具书面解除劳动合同通知书并送达员工等。同时，工厂应完善规章制度，明确旷工等行为的处理方式和程序，并确保规章制度已经过民主程序制定并公示或告知劳动者。
- 对于员工而言，若收到工厂的旷工离职通知，应首先核实自己是否存在旷工行为，以及工厂的规章制度或劳动合同中是否有相关规定。若认为工厂的解除行为违法，可以与工厂协商要求继续履行劳动合同或支付赔偿金；协商不成的，可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，维护自己的合法权益。
可能后果：
- 若工厂违法解除劳动合同，可能需要支付赔偿金给员工，赔偿金的计算标准为经济补偿标准的二倍。经济补偿按劳动者在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向劳动者支付半个月工资的经济补偿。
- 若员工因工厂的违法解除行为而遭受其他损失（如失业期间的收入损失等），也可以要求工厂进行赔偿。
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