结论：中介扣你1000元是否合法，不能一概而论，需要结合具体情况和相关法律法规来判断。以下是从不同角度进行的分析：

1. 合同约定角度：

   • 首先，要查看你与中介签订的劳动合同或相关协议中，是否有关于离职时扣除费用的具体条款。如果合同中有明确约定，且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么中介按照合同约定扣除费用可能是合法的。
   • 法律依据：根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位与劳动者应当按照劳动合同的约定，全面履行各自的义务。如果合同中有明确约定，且该约定合法有效，那么双方都应遵守。

2. 扣除费用合理性角度：

   • 即使合同中有扣除费用的约定，也需要判断该扣除是否合理。例如，如果扣除的费用是你因违反公司规定或造成公司损失而应承担的赔偿责任，且该赔偿金额合理，那么中介扣除费用可能是合法的。
   • 不合理扣除情形：如果中介扣除的费用没有合理依据，或者扣除的金额明显过高，超出了你应承担的责任范围，那么这种扣除可能是不合法的。

3. 法律法规禁止性规定角度：

   • 根据相关法律法规，用人单位不得随意扣除劳动者的工资或费用。例如，《中华人民共和国劳动法》规定，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。
   • 特殊情形：在某些特殊情况下，如劳动者因本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。但即使如此，扣除的部分也不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后的剩余工资不得低于当地月最低工资标准。

建议：

• 如果你认为中介扣除的1000元费用不合理或违法，你可以先与中介进行协商，要求其说明扣除费用的具体原因和依据。
• 如果协商无果，你可以向当地的劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。
• 在处理此类纠纷时，建议你保留好相关证据，如劳动合同、工资条、扣除费用的通知等，以便在需要时提供证明。

可能后果：

• 如果中介扣除费用确实违法，你可能会获得被扣除费用的返还，以及可能的赔偿金或补偿金。
• 如果中介扣除费用合法且合理，那么你可能需要承担这部分费用，无法获得返还或赔偿。

如有更多疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供更详细的法律建议。