结论：员工非正常离职扣1000元是否合法，需根据具体情况判断，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：
一、用人单位可依法扣除工资的情形
劳动者原因造成经济损失：
- 若因员工本人原因给用人单位造成经济损失，单位可依据《工资支付暂行规定》第十六条要求赔偿。但扣除后的月工资不得低于当地最低工资标准或劳动合同约定工资的80%，且扣除部分不得超过当月工资的20%。
- 举例：若员工因疏忽导致公司财产损失10000元，公司可要求员工赔偿，但每月扣除的赔偿金额不得超过员工当月工资的20%，且扣除后工资不得低于最低工资标准。若员工月工资为5000元，则每月最多扣除1000元作为赔偿，但需确保扣除后工资不低于当地最低工资标准。
法定代扣代缴项目：
- 包括个人所得税、社会保险费用、法院判决的抚养费/赡养费等法定义务，单位可依法代扣。
- 说明：这些扣款是法定的，与员工是否非正常离职无关，因此不涉及合法性争议。
违反服务期约定的违约金：
- 若单位为员工提供专项培训并约定服务期，员工提前离职时，可按约定扣除不超过培训费用的违约金。
- 举例：若公司为员工支付了20000元的培训费用，并约定服务期为2年，员工在服务期内提前离职，则公司可要求员工支付违约金，但违约金金额不得超过剩余服务期所分摊的培训费用。
违反保密义务或竞业限制的赔偿金：
- 若员工泄露商业秘密或违反竞业限制协议，单位可主张违约损失赔偿。
- 说明：这种扣款是基于员工违反保密或竞业限制义务，与非正常离职无直接关联，但若非正常离职同时涉及这些违约行为，则可能产生赔偿。
二、非法扣钱的情形及法律后果
无合法理由克扣工资：
- 如以“非正常离职”为由直接扣减工资，缺乏法律依据，属于违法行为。
- 举例：若员工因个人原因提出离职，但未提前通知公司，公司以此为由直接扣减1000元工资，这种做法缺乏法律依据，属于非法扣款。
未履行协商程序擅自扣款：
- 即使存在经济损失，未经书面告知、协商确认等程序即扣款，亦属违法。
- 说明：公司若认为员工非正常离职造成损失，应通过书面形式告知员工并协商赔偿事宜，未经协商擅自扣款违法。
超比例扣款：
- 单次扣除超过月工资20%或扣除后工资低于最低标准的，构成违法。
- 举例：若员工月工资为3000元，公司因员工非正常离职一次性扣减1000元工资，则扣除比例超过了月工资的20%（即600元），构成违法扣款。
法律后果：
- 劳动者有权向劳动监察部门投诉，要求补发工资差额；
- 可申请劳动仲裁主张经济补偿金（按工作年限每满一年支付一个月工资）；
- 单位可能面临行政处罚及赔偿责任。
三、建议与注意事项
保留证据：
- 员工应保存劳动合同、工资条、考勤记录、沟通记录等材料，作为维权依据。
优先协商解决：
- 通过书面形式与单位沟通扣款争议，明确双方权利义务。
及时寻求法律援助：
- 若协商未果，可向劳动监察大队举报或提起劳动仲裁，维护合法权益。
总结：员工非正常离职扣1000元是否合法，需根据具体情况判断。若公司无法提供合法依据或未履行协商程序擅自扣款，则构成违法。员工应保留相关证据，优先协商解决，必要时寻求法律援助。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。