结论：单位起诉并不影响仲裁谅解书的效力，但需根据起诉理由和证据情况积极应对诉讼。以下是具体分析：

1. 仲裁谅解书的法律效力

仲裁谅解书（通常指调解协议或和解协议）是双方自愿达成的书面协议，具有民事合同性质。根据《劳动争议调解仲裁法》第十四条，经调解组织调解达成的协议，对双方具有约束力，当事人应当履行。若单位起诉，需明确起诉理由是否涉及：

• 协议无效情形（如欺诈、胁迫、显失公平）；
• 协议未履行或部分履行（如单位未按约定支付补偿）；
• 协议内容违法（如违反最低工资标准、社保缴纳等强制性规定）。

应对建议：
若单位起诉理由不成立，可向法院提交仲裁谅解书作为证据，主张协议合法有效，要求驳回单位诉求；若协议存在瑕疵（如未签字、内容模糊），需补充证据证明双方真实意思表示。

2. 单位起诉的常见理由及应对

（1）单位主张协议显失公平或受胁迫

• 法律要点：根据《民法典》第一百五十一条，显失公平需满足“一方利用对方处于危困状态、缺乏判断能力”等条件；胁迫需证明“以给自然人及其近亲属等的人身权利、财产权利或者其他合法权益造成损害为要挟”。
• 应对建议：
  
  • 收集协议签订时的沟通记录（如邮件、微信）、录音录像等，证明双方平等协商；
    
  • 若单位未在法定期间（如1年内）行使撤销权，可主张其丧失撤销权。

（2）单位主张协议未履行

• 法律要点：若单位未按协议支付补偿或履行其他义务，员工可依据协议向法院申请强制执行；若单位反诉员工未履行义务（如未交接工作），需核实协议是否约定履行顺序及违约责任。
• 应对建议：
  
  • 保留单位未履行的证据（如转账记录、工作交接单）；
    
  • 若协议未约定履行顺序，可主张同时履行抗辩权（即单位先履行，员工再履行）。

（3）单位主张协议内容违法

• 法律要点：若协议约定“员工放弃社保缴纳”“工资低于最低标准”等，因违反《社会保险法》《劳动法》强制性规定而无效。
• 应对建议：
  
  • 区分协议整体与部分条款：若部分条款违法，其他条款仍有效；
    
  • 若协议整体违法，员工可主张单位返还已取得的利益（如已支付的补偿），并要求单位补缴社保、补发工资。

3. 诉讼程序中的关键步骤

• 答辩期：收到起诉状后15日内提交答辩状，明确反驳单位诉求；
  
• 举证期：收集协议签订过程、履行情况等证据，必要时申请法院调取单位财务记录、考勤记录等；
  
• 庭审应对：围绕协议合法性、履行情况、单位起诉理由是否成立进行辩论，避免承认对己不利的事实。

4. 风险提示

• 若仲裁谅解书未明确约定“双方争议一次性了结”，单位可能就协议外事项另行起诉（如未主张的加班费）；
  
• 若协议涉及竞业限制、保密义务等特殊条款，需核实是否符合《劳动合同法》要求（如竞业限制期限、经济补偿标准）。

总结：单位起诉不必然推翻仲裁谅解书，需根据起诉理由针对性应对。建议整理协议文本、沟通记录、履行证据等材料，必要时委托律师分析协议效力及诉讼策略。如有进一步问题，可直接向我咨询具体细节。