结论：工伤停工留薪期间，用人单位仅发放底薪是不合法的，申请仲裁是有用的，劳动者可以通过仲裁等法律途径来维护自己的合法权益。

详细分析：

1. 法律依据：

   • 根据《工伤保险条例》第三十三条的规定，职工因工作遭受事故伤害或者患职业病需要暂停工作接受工伤医疗的，在停工留薪期内，原工资福利待遇不变，由所在单位按月支付。这里的“原工资福利待遇”应理解为包括基本工资、奖金、津贴等全部劳动报酬，而非仅仅是底薪。

2. 停工留薪期的工资待遇：

   • 在停工留薪期内，劳动者应享受与正常工作期间相同的工资福利待遇。这意味着，如果劳动者在工伤前有绩效奖金、岗位津贴或其他形式的收入，这些都应在停工留薪期内得到继续支付。用人单位仅发放底薪的做法，显然违反了这一规定。

3. 仲裁的作用与流程：

   • 如果用人单位在工伤停工留薪期间仅发放底薪，劳动者可以首先与用人单位进行协商，要求其按照法律规定支付足额的工伤工资。若协商无果，劳动者可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。
   • 仲裁申请：劳动者需提交仲裁申请书及相关证据材料，如工伤认定决定书、医院诊断证明、劳动合同、工资发放记录等，以证明用人单位仅发放底薪的事实。
   • 仲裁庭审：在庭审过程中，劳动者应充分陈述自己的主张和理由，提供相关证据支持自己的诉求。用人单位则需承担举证责任，证明其工资支付符合法律规定。
   • 仲裁裁决：仲裁委员会将根据双方提供的证据和法律规定，作出裁决。如果裁决支持劳动者的诉求，用人单位需按照裁决结果支付足额的工伤工资及可能的赔偿金。

4. 后续法律途径：

   • 如果劳动者对仲裁裁决不服，可以在收到仲裁裁决书之日起十五日内向人民法院提起诉讼。法院将依法审理并作出判决，如用人单位不履行法院判决，劳动者可向法院申请强制执行。

建议与提醒：

• 保留证据：在工伤发生后，劳动者应尽快收集并保留好相关证据，如工伤认定决定书、医院诊断证明、劳动合同、工资发放记录等，以便后续维权使用。
• 及时维权：一旦发现用人单位在工伤停工留薪期间仅发放底薪，劳动者应尽快采取行动，通过协商、仲裁或诉讼等法律途径来维护自己的合法权益。
• 咨询专业律师：在整个维权过程中，如果劳动者遇到任何法律问题或困惑，可以直接向我咨询，我会根据具体情况提供专业的法律建议和帮助。

总结：工伤停工留薪期间，用人单位仅发放底薪是不合法的。劳动者有权通过仲裁等法律途径来维护自己的合法权益，确保获得应有的工伤待遇。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。