在法院调解原权利人变更至现权利人名下的情况下，不动产登记机构应当进行转移登记，而非变更登记。以下是对这一问题的详细分析：

一、转移登记与变更登记的定义及区别

1. 转移登记：

   • 定义：转移登记是指因不动产权利人发生改变而进行的登记。
   • 适用情形：通常发生在不动产买卖、赠与、继承、交换等导致权利人变更的情况下。

2. 变更登记：

   • 定义：变更登记是指因不动产权利人的姓名、名称、不动产自然状况或者法定事项发生变更而进行的登记。
   • 适用情形：如权利人姓名变更、不动产面积变化、用途改变等，但权利人本身并未发生改变。

二、法院调解导致权利人变更的性质

在法院调解下，原权利人将不动产权利转移给现权利人，这实际上是一种权利主体的变更，而非权利内容的变更或权利人信息的简单更新。因此，这种变更符合转移登记的定义和适用情形。

三、不动产登记机构的操作依据

根据《不动产登记暂行条例》及相关实施细则，不动产登记机构在办理登记时，需根据申请事项的性质和类型，选择相应的登记程序。在法院调解导致权利人变更的情况下，不动产登记机构应依据相关法律法规，办理转移登记手续，将不动产权利从原权利人名下转移至现权利人名下。

四、实际操作中的注意事项

1. 提交材料：在办理转移登记时，现权利人需提交法院调解书、身份证明、不动产权属证书等相关材料。
2. 审核程序：不动产登记机构将对提交的材料进行审核，确认无误后，办理转移登记手续，并颁发新的不动产权属证书。
3. 税费缴纳：根据相关规定，不动产权利转移可能涉及税费缴纳问题，现权利人需按规定缴纳相关税费。

五、法律后果

若不动产登记机构错误地办理了变更登记而非转移登记，可能导致现权利人的权利无法得到充分保障，甚至引发法律纠纷。因此，不动产登记机构在办理登记时，应严格区分转移登记与变更登记，确保登记的准确性和合法性。

总结来说，在法院调解原权利人变更至现权利人名下的情况下，不动产登记机构应当进行转移登记。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。