不动产转移中存在多个权利人时，登记方式需根据权利人之间的共有关系及具体约定进行，具体分为以下两种情况：

1. 按份共有或共同共有登记
   若多个权利人对不动产为共有关系（包括按份共有或共同共有），登记时需明确共有性质及各权利人份额：

   • 共有性质标注：在不动产权证书“权利人”栏中记载所有共有人的姓名，并在“共有情况”栏注明“按份共有”或“共同共有”。
     
   • 份额明确：按份共有的需载明各权利人占有的份额比例（如甲50%、乙50%），共同共有则无需标注份额。
     
   • 法律依据：根据《民法典》第297条，不动产可由两个以上组织、个人共有，共有包括按份和共同两种形式。

2. 独立产权登记（非共有关系）
   若多个权利人对不动产享有独立产权（如分层登记、分户登记等），需按以下步骤操作：

   • 区分物理空间：需通过测绘明确各权利人独立使用的部分（如房屋的楼层、房间号），并分别办理不动产权证书。
     
   • 权利边界清晰：登记时需附具经规划部门批准的图纸或分割协议，确保各独立产权的面积、位置无重叠或争议。
     
   • 特殊情形：若涉及车位、储藏室等附属设施，需在登记时明确其归属（如单独登记或随主房一并登记）。

实务建议：

• 权利人应通过书面协议明确共有性质、份额或独立产权范围，避免后续纠纷。
  
• 登记时需提交身份证明、共有协议或分割协议、测绘报告等材料，具体要求可咨询当地不动产登记机构。
  
• 若涉及继承、赠与等导致权利人变更的情形，需先完成继承/赠与公证或诉讼程序，再办理转移登记。
  

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