结论：在有证据证明不动产登记确有错误但权利人不同意更正的情况下，登记机构一般不可以直接依职权更正，但在特定情形下，登记机构可以依职权更正登记。

分析说明：

1. 一般原则：

   • 根据《不动产登记暂行条例》及相关规定，不动产登记应当遵循权利人申请的原则。这意味着，在大多数情况下，如果权利人不同意更正登记，登记机构通常不会主动依职权进行更正。

2. 特定情形下的依职权更正：

   • 尽管有上述一般原则，但在某些特定情形下，登记机构可以依职权更正登记。这些情形通常涉及登记错误可能对公共利益或他人合法权益造成重大影响的情况。例如，如果登记错误导致国家税收损失、公共安全受到威胁，或者严重损害了其他不动产权利人的合法权益，登记机构在有充分证据证明登记错误的情况下，可以依职权进行更正。
   • 具体来说，根据《不动产登记暂行条例实施细则》第八十一条：“不动产登记机构发现不动产登记簿记载的事项错误，应当通知当事人在30个工作日内办理更正登记。当事人逾期不办理的，不动产登记机构应当在公告15个工作日后，依法予以更正；但在错误登记之后已经办理了涉及不动产权利处分的登记、预告登记和查封登记的除外。” 这一条款为登记机构在特定情形下依职权更正登记提供了法律依据。

3. 实际操作中的考量：

   • 在实际操作中，登记机构在决定是否依职权更正登记时，会综合考虑多种因素，包括错误的性质、严重程度、对公共利益或他人合法权益的影响程度，以及是否有充分的证据支持更正等。
   • 如果登记机构决定依职权更正登记，通常会先通知权利人，并给予其一定的异议期。如果权利人在异议期内提出异议，登记机构会进一步审查并作出决定。

法律建议：

• 如果您作为相关方，发现不动产登记存在错误，且权利人不同意更正，您可以向登记机构提供充分的证据，说明登记错误的性质、严重程度以及对公共利益或他人合法权益的影响。
• 同时，您也可以咨询专业律师，了解在您所在地区的具体法律规定和操作流程，以便更好地维护自己的合法权益。

后续行动：

• 如果您需要进一步了解不动产登记更正的具体流程或需要法律帮助，请随时向我咨询。我会根据您的具体情况，提供详细的法律建议和操作指导。