结论前置：在有证据证明不动产登记确有错误，但权利人不同意更正的情况下，登记机构不可以直接更正。不过，利害关系人可以通过申请异议登记及后续法律程序来维护自身权益。
一、登记机构直接更正的条件
根据《中华人民共和国民法典》第二百二十条的规定，不动产登记簿记载的权利人书面同意更正或者有证据证明登记确有错误的，登记机构应当予以更正。这意味着，登记机构直接更正不动产登记需要满足两个条件之一：
- 权利人书面同意更正：即不动产登记簿上记载的权利人明确表示同意对登记事项进行更正。
- 有证据证明登记确有错误：即存在确凿的证据表明不动产登记簿上的记载与实际情况不符。
二、权利人不同意更正时的处理
若不动产登记簿记载的权利人不同意更正，而利害关系人又认为登记确有错误，此时登记机构不能直接更正。但利害关系人可以采取以下措施来维护自身权益：
申请异议登记：
- 利害关系人可以向登记机构申请异议登记，以限制登记簿上权利人对不动产的处分权，防止不当处分给利害关系人造成损害。
- 异议登记自登记机构受理之日起十五日内有效。在此期间内，利害关系人需要提起诉讼或申请仲裁，以解决争议。
提起诉讼或申请仲裁：
- 利害关系人应在异议登记之日起十五日内向人民法院提起诉讼或向仲裁机构申请仲裁，请求确认物权归属或更正登记事项。
- 若法院或仲裁机构认定异议成立，不动产登记机构将根据判决或裁决进行更正登记。
损害赔偿请求：
- 若异议登记不当导致权利人受损，权利人可向申请人请求损害赔偿。这要求申请人在申请异议登记时需谨慎行事，确保有充分的证据支持其主张。
三、实际操作中的注意事项
- 证据收集：利害关系人在申请异议登记或提起诉讼前，应充分收集证据证明不动产登记确有错误。这些证据可以包括合同、发票、测绘报告等能够证明实际状况与登记不符的材料。
- 法律程序：利害关系人应严格按照法律规定的程序进行操作，包括申请异议登记、提起诉讼或申请仲裁等。任何违反法律程序的行为都可能导致其权益无法得到保障。
- 风险防范：在申请异议登记或提起诉讼前，利害关系人应评估可能面临的风险和成本，并制定相应的风险防范措施。例如，可以考虑咨询专业律师以获取更全面的法律建议。
四、总结与建议
当发现不动产登记有误且权利人不同意更正时，利害关系人应通过申请异议登记及后续法律程序来维护自身权益。这一过程可能涉及复杂的法律问题和程序要求，因此建议利害关系人在操作前咨询专业律师以获取更全面的法律指导和支持。如果你有具体的法律问题或需要进一步的帮助，请直接向我咨询。