企业与员工签订两年内不能在竞争行业同岗位工作的协议，其合法性取决于多个因素，不能一概而论。以下从不同角度为你详细分析：
合法性判断的关键因素
竞业限制协议的主体范围：
- 根据《劳动合同法》的相关规定，竞业限制的人员限于用人单位的高级管理人员、高级技术人员和其他负有保密义务的人员。如果员工并不属于这些特定人员，企业与其签订竞业限制协议可能缺乏法律依据，该协议可能被视为无效。
竞业限制的期限：
- 竞业限制期限不得超过二年。你提到的“两年内”在法律规定的上限之内，因此从期限上看，这个协议是合法的。但需要注意的是，即使期限合法，如果协议的其他条款存在违法或不合理之处，也可能影响整个协议的效力。
经济补偿的支付：
- 用人单位与劳动者约定竞业限制条款的，应当在竞业限制期限内按月给予劳动者经济补偿。如果企业未支付经济补偿，劳动者有权要求企业支付，并且可能因此有权解除竞业限制协议。经济补偿的具体数额，通常由双方协商确定，但应合理且符合行业惯例。
协议内容的合理性：
- 竞业限制协议的内容应当合理，不得过分限制劳动者的就业权利。例如，协议中约定的竞争行业和同岗位的范围应当明确且合理，不能过于宽泛或模糊。如果协议内容存在不合理之处，劳动者有权提出异议，并可能因此要求法院或仲裁机构对协议进行变更或撤销。
可能的法律后果
如果协议合法有效：
- 员工需遵守竞业限制协议，不得在约定的期限内到竞争行业同岗位工作。否则，企业有权要求员工承担违约责任，包括支付违约金、赔偿损失等。
如果协议存在违法或不合理之处：
- 员工有权提出异议，并可能因此要求法院或仲裁机构对协议进行变更或撤销。如果协议被撤销或变更，员工将不再受竞业限制协议的约束。
建议
对于企业：
- 在签订竞业限制协议前，应仔细审查员工的身份和职位，确保其属于可以签订竞业限制协议的人员范围。
- 明确竞业限制的期限、范围和经济补偿等条款，确保协议内容合法、合理且明确。
- 在协议签订后，应按时支付经济补偿，以维护协议的效力。
对于员工：
- 在签订竞业限制协议前，应仔细阅读协议内容，了解自己的权利和义务。
- 如果对协议内容存在异议或疑问，应及时与企业沟通并寻求法律意见。
- 在协议签订后，应遵守协议约定，不得违反竞业限制义务。如果企业未支付经济补偿或协议存在其他违法或不合理之处，员工有权提出异议并寻求法律救济。
如果你或你所在的企业面临类似问题，或者对竞业限制协议有任何疑问，都可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律建议。