基本工资从提成中扣除是否合法，这并非一个简单的“是”或“否”的问题，而是需要根据具体情况来判断。以下是我从不同角度为你进行的分析：
劳动合同或公司规章制度的约定：
- 如果劳动合同或公司规章制度中明确规定了基本工资可以从提成中扣除，且这种扣除方式不违反法律法规的强制性规定（如最低工资标准等），那么这种扣除方式在法律上可能是被认可的。但即便如此，公司也需要确保扣除后的工资不低于当地的最低工资标准。
- 法律依据：根据《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位与劳动者应当遵循合法、公平、平等自愿、协商一致的原则订立劳动合同，劳动合同中应当明确劳动报酬等条款。如果劳动合同或规章制度中有明确约定，且不违反法律强制性规定，则双方应遵守。
扣除的合理性和合法性：
- 即使劳动合同或规章制度中有扣除基本工资的约定，公司也需要确保这种扣除是合理且合法的。例如，如果提成是基于销售业绩的，而基本工资是劳动者提供正常劳动应得的报酬，那么将基本工资完全从提成中扣除可能显得不合理，因为这可能导致劳动者在业绩不佳时无法获得基本的生活保障。
- 合法性判断：扣除基本工资是否合法，还需考虑是否侵犯了劳动者的合法权益，如是否低于最低工资标准、是否违反了劳动法的其他强制性规定等。
实际操作中的注意事项：
- 在实际操作中，公司应谨慎处理基本工资的扣除问题，避免引发劳动争议。如果确实需要扣除，应确保有明确的合同依据或规章制度支持，并提前与劳动者进行充分沟通。
- 劳动者权益保护：劳动者在面对基本工资被扣除的情况时，应首先查看自己的劳动合同和公司规章制度，了解是否有相关约定。如果认为扣除不合理或违法，可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
举例说明：
假设某公司规定，销售人员的工资由基本工资和提成两部分组成，其中基本工资为每月2000元，提成根据销售业绩计算。如果公司规定在销售人员未完成基本销售任务时，从提成中扣除基本工资，这种规定可能因违反最低工资标准而无效。因为即使销售人员未完成销售任务，他们也应获得不低于最低工资标准的报酬。
建议：
- 对于公司而言，应确保劳动合同和规章制度的合法性和合理性，避免侵犯劳动者的合法权益。
- 对于劳动者而言，应了解自己的劳动合同和公司规章制度，维护自己的合法权益。如果遇到基本工资被不合理扣除的情况，应及时向相关部门投诉或申请劳动仲裁。
如果你有更具体的合同条款或公司规章制度内容，或者遇到了实际的劳动争议问题，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况给出更详细的法律建议。