结论：公司要求员工上交手工登记的加班记录是否合法，不能一概而论，需结合加班记录的用途、公司规章制度及法律规定综合判断。以下从不同角度进行分析：

1. 若加班记录用于合法考勤管理，且公司规章制度合法有效

• 合法性分析：根据《劳动法》及相关规定，公司有权对员工加班进行管理，包括要求员工记录加班时间。若公司规章制度明确规定了加班记录的提交要求，且该制度已通过民主程序制定（如经职工代表大会讨论）、向员工公示，且内容不违反法律强制性规定（如强制无偿加班），则员工需遵守。
• 员工义务：员工应配合公司合法的管理要求，提交加班记录。但公司需确保加班时间未超出法定限制（如每日不超过1小时，特殊情况不超过3小时，每月不超过36小时），并依法支付加班费。

2. 若加班记录被用于非法目的，或公司规章制度违法

• 非法目的示例：若公司要求上交加班记录是为了逃避支付加班费（如篡改记录、否认加班事实），或强制员工无偿加班，则属于违法行为。
• 规章制度违法情形：若公司规章制度未经过民主程序制定、未向员工公示，或内容违反法律强制性规定（如规定“加班无需支付报酬”），则该制度无效，员工有权拒绝执行。
• 法律后果：公司可能面临劳动监察部门的处罚（如警告、罚款），员工可主张加班费差额、解除劳动关系经济补偿等权益。

3. 员工如何维护自身权益

• 保存证据：员工应保留加班记录、考勤表、加班通知等证据，以证明加班事实及公司未依法支付加班费。
• 内部沟通：优先通过工会或人力资源部门反映问题，要求公司依法支付加班费或修改违法制度。
• 投诉举报：若公司拒不改正，员工可向当地劳动监察大队投诉，提交证据材料。
• 劳动仲裁/诉讼：员工可申请劳动仲裁，主张加班费差额、解除劳动关系经济补偿等权益。若对仲裁结果不服，还可向法院提起诉讼。

4. 特殊工时制下的加班管理

• 不定时工作制/综合计算工时制：对于实行特殊工时制的岗位（如销售人员、外勤人员），公司需经劳动行政部门审批。此类岗位加班规则不适用标准工时制限制，但仍需确保员工休息权益并依法支付报酬。
• 加班认定：特殊工时制下，加班认定需结合具体岗位职责判断。例如，销售人员若因客户紧急需求加班，可能被认定为有效加班，需依法支付报酬。

5. 风险防范建议

• 公司应：
  • 完善加班审批流程，留存书面记录；
  • 定期核算加班费，避免漏发或错算；
  • 对特殊工时制岗位及时申报备案。
• 员工应：
  • 了解自身岗位适用的工时制度；
  • 发现违法情形及时向监管部门反馈；
  • 拒绝执行违法制度（如强制无偿加班）。

总结：公司要求员工上交加班记录是否合法，需结合具体情形判断。若公司制度合法、加班记录用于合法管理，则员工需配合；若公司制度违法或加班记录被用于非法目的，则员工有权拒绝并维护自身权益。如有疑问，可直接向我咨询。