超过土地合同约定的竣工时间后，是否可以做在建工程抵押需分情况讨论，具体如下：

1. 若工程未因超期被认定为违法或存在权利限制
   若工程虽超过合同约定的竣工时间，但未因超期被行政机关认定为违法建筑（如未收到限期拆除通知、未被冻结产权等），且土地使用权及在建工程本身不存在查封、抵押等权利限制，理论上仍可办理在建工程抵押。此时需重点审查：

   • 土地出让合同中是否约定“超期未竣工则土地使用权自动收回”等条款，若未触发此类条款，土地使用权仍有效；
     
   • 在建工程是否已取得合法建设手续（如施工许可证、规划许可证等），且手续未因超期失效；
     
   • 抵押时需向登记机关说明超期原因，并提交土地使用权人、建设单位出具的书面说明（如因资金问题延期、正在补办手续等），部分地区可能要求补充承诺函。

2. 若工程因超期被认定为违法或存在权利限制
   若工程因超期被行政机关认定为违法建筑（如未按规定期限开工/竣工且未申请延期），或土地使用权因超期被收回（如土地出让合同明确约定“超期未竣工则无偿收回土地”），则无法办理在建工程抵押。此时需注意：

   • 违法建筑因缺乏合法产权，无法作为抵押物；
     
   • 土地使用权被收回后，原权利人丧失抵押主体资格，抵押登记无法完成；
     
   • 即使未被正式认定为违法建筑，若存在“未批先建”“超规划建设”等违规行为，也可能因手续不全被登记机关拒办抵押。

实务建议：

• 办理抵押前，务必通过不动产登记中心查询土地及在建工程的权属状态、抵押/查封记录；
  
• 审查土地出让合同、建设规划许可等文件，确认是否存在超期限制条款及当前效力；
  
• 若超期因客观原因（如政府审批延迟、不可抗力），可收集证据（如政府文件、沟通记录）向登记机关说明，争取办理抵押；
  
• 避免为已明确无法竣工或存在重大合规风险的工程提供抵押担保，否则可能面临抵押无效、债权无法实现的风险。
  

如有具体案例或合同条款需要分析，可直接向我提供详细信息，我会进一步结合法律条文及地方政策为你解答。