医院惩罚扣除职工两年绩效是否合法，需分情况讨论：

1. 从劳动合同和规章制度的角度分析：

   • 根据《劳动合同法》的相关规定，用人单位与劳动者签订的劳动合同以及用人单位依法制定的规章制度，是调整双方劳动关系的重要依据。如果医院在劳动合同中明确约定了绩效工资的发放条件和方式，或者在其规章制度中详细规定了绩效工资的扣除情形，并且这些规定不违反法律法规的强制性规定，那么医院在符合这些规定的情况下扣除职工绩效工资，可能是合法的。
   • 但关键在于，这些规定必须事先告知劳动者，并且劳动者对此表示同意。如果医院未事先告知或劳动者未同意，那么医院单方面扣除绩效工资的行为可能构成违法。

2. 从扣除绩效工资的合理性和必要性的角度分析：

   • 即使医院有相关的规章制度或劳动合同约定，扣除绩效工资也必须具有合理性和必要性。如果医院因为职工的一些轻微违规行为或非故意失误就扣除其两年的绩效工资，这种处罚显然过于严厉，缺乏合理性。
   • 合理的处罚应当与职工的违规行为或失误程度相适应，并且应当考虑到职工的实际经济状况和承受能力。如果医院的处罚明显超出了合理范围，那么这种处罚行为可能构成违法。

3. 从法律法规的强制性规定的角度分析：

   • 我国劳动法律法规对用人单位扣除劳动者工资的行为有严格的限制。根据《工资支付暂行规定》等相关法律法规，用人单位不得无故克扣劳动者工资，除非是因为劳动者本人原因给用人单位造成经济损失，并且用人单位可以按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。但即使在这种情况下，扣除的部分也不得超过劳动者当月工资的20%，并且扣除后的剩余工资不得低于当地最低工资标准。
   • 如果医院扣除职工两年绩效工资的行为违反了这些强制性规定，那么这种行为显然是违法的。

针对您的情况，我给出以下建议：

• 首先，您应当仔细审查您与医院签订的劳动合同以及医院的规章制度，看看是否有关于绩效工资扣除的相关规定。
• 其次，您可以与医院的人力资源部门或相关负责人进行沟通，了解他们扣除您绩效工资的具体原因和依据。
• 如果您认为医院的扣除行为缺乏合理性和必要性，或者违反了相关法律法规的强制性规定，那么您可以向当地的劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护您的合法权益。

最后需要强调的是，劳动纠纷的处理往往比较复杂，需要综合考虑多种因素。如果您在处理过程中遇到任何困难或疑问，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况给出更详细的法律建议。