员工签字确认的公司员工手册中规定“年度旷工3天解除劳动关系无经济补偿”，这一条款是否有效，需从多个角度进行分析：
公司规章制度的合法性：
- 制定程序：根据《劳动合同法》的规定，公司制定涉及劳动者切身利益的规章制度时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。如果员工手册的制定过程符合这一程序，那么它在程序上是合法的。
- 内容合法性：规章制度的内容不能违反法律法规的强制性规定，且需具有合理性。对于“旷工三天解除劳动合同”的规定，虽然看似严格，但在某些关键岗位或特殊行业（如医生、飞行员等），旷工一天都可能造成严重后果，因此这样的规定可能具有合理性。然而，对于工作灵活性较大的岗位，该规定的合理性可能受到质疑。
- 公示或告知：公司应当将规章制度公示或者告知劳动者。员工签字确认员工手册，可以视为公司已经履行了告知义务。
员工签字确认的效力：
- 员工签字确认员工手册，通常意味着员工已经阅读并理解了手册中的内容，包括关于旷工和解除劳动合同的规定。在法律上，这可以视为员工对规章制度的一种认可和接受。
- 然而，签字确认并不意味着员工放弃了所有权利。如果规章制度本身存在违法或不合理之处，员工仍然有权提出异议或寻求法律救济。
特殊情况的考量：
- 如果员工旷工是由于不可抗力或合理理由（如突发重大疾病、遭遇自然灾害等），公司不能简单以旷工三天为由解除劳动合同。在这种情况下，公司应当了解实际情况，并根据具体情况作出决定。
解除劳动合同的程序要求：
- 即使员工手册中的规定合法有效，公司在解除劳动合同时也应当遵循法律规定的程序。例如，公司应当与员工进行沟通，听取其解释和意见，并考虑是否有特殊情况。
- 如果公司决定解除劳动合同，应当按照法律规定的程序进行，如提前通知员工或支付相应的经济补偿（尽管员工手册中可能规定了无经济补偿，但在某些情况下，法律可能要求公司支付经济补偿）。
综合建议：
- 对于公司而言，应当确保员工手册的制定过程合法、内容合理，并充分履行告知义务。同时，在解除劳动合同时，应当遵循法律规定的程序，确保解除合同的合法性与合规性。
- 对于员工而言，如果认为员工手册中的规定违法或不合理，或者公司在解除劳动合同时存在违法行为，可以寻求法律救济。在这种情况下，建议员工及时咨询专业律师，了解自己的权利和义务，并采取相应的法律措施。
最后，每个具体案件都有其独特性，上述分析仅供参考。如果你或你身边的人遇到类似问题，可以直接向我咨询，我会根据具体情况提供更详细的法律建议。