员工手册规定连续旷工3天以上，在旷工第3天发出开除通知，是否合法需视具体情况而定。以下从不同角度为您详细分析：
一、合法性基础
根据《中华人民共和国劳动合同法》第三十九条的规定，劳动者严重违反用人单位的规章制度的，用人单位可以解除劳动合同。因此，如果员工手册中明确规定了旷工3天属于严重违反规章制度的行为，并且该规定经过民主程序制定且已向员工公示或告知，那么用人单位有权依据此规定解除劳动合同。
二、合法性的具体条件
规章制度合法有效：
- 员工手册中的规定必须内容合法、程序合法（如经职工代表大会或者全体职工讨论），并向劳动者公示或告知。
- 规章制度的内容不得违反法律法规的强制性规定，也不得侵犯劳动者的合法权益。例如，不能规定过于严苛的旷工天数作为开除条件，而应考虑合理性。
旷工事实确凿：
- 用人单位必须有充分的证据证明员工存在旷工行为，如考勤记录、监控视频、同事证言等。
- 证据应当真实、合法且与旷工事实相关联。如果证据不足或存在争议，用人单位可能面临违法解除的风险。
解除程序正当：
- 在解除劳动合同前，用人单位应当进行调查核实，听取员工的申辩意见。不能仅凭主观判断或未经调查就作出开除决定。
- 解除劳动合同的决定应当以书面形式通知员工，并说明解除的理由和依据。如果用人单位在旷工第3天就发出开除通知，但未给予员工申辩机会或未说明充分理由，可能构成程序不正当。
无其他违法情形：
- 用人单位在解除劳动合同时，不得存在其他违法行为，如拖欠工资、未缴纳社会保险等。这些行为可能影响开除决定的合法性。
三、可能的不合法情况
规章制度不合法或不合理：
- 如果员工手册中的规定未经民主程序制定，或内容违反法律法规，或未向劳动者公示，则该规章制度不能作为辞退员工的合法依据。
存在误解或不可抗力：
- 如果员工旷工是由于不可抗力因素导致（如突发疾病、家庭紧急情况等），或员工对旷工的认定存在误解，且公司未经调查核实就直接辞退员工，这种辞退行为很可能被认定为不合法。
解除程序不合法：
- 如果公司在辞退过程中未遵循法定程序，如未书面通知员工、未说明辞退理由和依据、未给予员工申辩机会等，则辞退行为可能构成违法解除。
四、法律后果与建议
- 合法后果：如果旷工三天辞退被认定为合法，公司无需支付经济补偿金，但应确保结算员工的工资和其他应得福利。
- 不合法后果：如果旷工三天辞退被认定为不合法，公司可能需要向员工支付赔偿金（通常按照经济补偿标准的二倍计算），并面临法律诉讼的风险。此外，还可能影响公司的声誉和员工关系。
- 建议：
- 公司在制定规章制度时，务必遵循法律规定和民主程序，确保规章制度的合法性、合理性和公示性。
- 在辞退员工时，应严格按照规章制度和法定程序进行操作，确保解除程序的正当性。
- 保留与旷工行为相关的证据材料，以备不时之需。
- 如果对辞退决定的合法性存在疑虑，建议咨询专业律师或劳动仲裁机构。
总之，员工手册规定连续旷工3天以上在旷工第3天发出开除通知是否合法，需综合考虑公司规章制度的合法性、合理性、公示情况以及辞退程序是否符合法律规定。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。