员工手册规定旷工一天扣三天工资，这一做法在大多数情况下是不合法的。以下从多个角度为你详细分析：
法律依据与合法性判断
《劳动法》第五十条：该条款明确规定，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或无故拖欠。这意味着用人单位必须按照约定支付劳动报酬，任何扣款行为都需有法定依据。旷工一天扣三天工资，显然超出了当天未提供劳动应扣工资的范畴，缺乏法律依据。
《工资支付暂行规定》第十六条：此条款指出，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可扣除当月工资的20%，但扣除后剩余工资不得低于当地月最低工资标准。该条款仅允许在特定情形下有限度扣款，且未授权“旷一罚三”的惩罚性扣款。旷工一天并不直接等同于给用人单位造成了经济损失，因此直接扣三天工资缺乏合理性。
《劳动合同法》第三十条：用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。旷工一天扣三天工资，显然违反了及时足额支付劳动报酬的原则。
合理性分析
违反比例原则：旷工行为与三倍工资的处罚明显失衡。例如，某员工日薪300元，旷工一天被扣900元，这种远超实际损失的处罚既不合理也不公平。劳动法的立法目的之一是保护劳动者的合法权益，过度惩罚显然与这一目的相悖。
涉嫌变相罚款：根据《行政处罚法》，罚款权专属于行政机关。企业自行设定高额扣款实质构成非法罚款，可能引发劳动纠纷。员工有权拒绝这种不合理的扣款，并可以通过法律途径维护自己的权益。
损害劳动关系：过度扣款会激化劳资矛盾，降低员工归属感。一个公平、合理的劳动环境对于维护良好的劳动关系至关重要。过度惩罚员工只会让员工感到不满和失望，进而影响工作效率和团队凝聚力。
企业正确处理方式
完善规章制度：企业应通过民主程序制定《员工手册》，明确旷工的认定标准和处分梯度。例如，可以规定首次旷工警告、二次旷工扣发当日工资、三次旷工解除劳动合同等。这样的规定既合理又合法，能够有效地维护企业的利益和员工的权益。
规范扣款流程：在扣款前，企业须履行告知义务，出具书面通知并说明事由。扣款金额不得超过当月工资的20%，且不得低于最低工资标准。这是为了保障员工的合法权益，防止企业滥用扣款权力。
建立申诉机制：企业应设立劳动争议调解委员会，对扣款异议进行公正裁决。这样，员工在遇到不合理的扣款时，可以通过申诉机制来维护自己的权益，而企业也可以通过这一机制来了解员工的诉求和意见，进而改进自己的管理方式。
总结与建议：
员工手册规定旷工一天扣三天工资的做法是不合法的。企业应遵守相关法律法规，制定合理、合法的规章制度，并规范扣款流程。员工在遇到不合理的扣款时，应积极采取措施维护自己的合法权益，如与企业协商、向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁等。如果你在这方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。