劳动合同中“旷工三天严重违纪解除劳动关系”的条款是否有效，需分情况讨论：
一、条款有效的情形
规章制度明确且合法：
- 若用人单位的规章制度中明确规定了“旷工三天属于严重违反单位规章制度”，并且该规章制度的制定程序合法（如经过职工代表大会或全体职工讨论，与工会或职工代表平等协商确定）、内容合法（不违反法律、法规的强制规定及国家政策）、已向劳动者公示或告知，那么单位以此为由解除劳动合同是合法的，无需支付经济补偿。
劳动合同约定合法：
- 法律并未禁止在劳动合同中约定解除条款。若劳动合同中明确约定了“旷工三天，单位有权解除劳动合同且无须支付经济补偿金”，且该约定不违反法律、行政法规的强制性规定，那么该约定也是有效的。在此情况下，单位依据劳动合同约定解除劳动关系，同样不构成违法解除。
二、条款可能无效的情形
规章制度不健全或未公示：
- 若用人单位没有明确的规章制度，或者规章制度制定、公示等程序不合法，那么仅因旷工三天就解除劳动合同可能构成违法解除。此时，劳动者可要求单位继续履行合同，或要求单位支付违法解除劳动合同的赔偿金（赔偿金为经济补偿标准的二倍）。
劳动合同约定与规章制度冲突：
- 虽然劳动合同可以约定解除条款，但若该约定与规章制度存在冲突，且规章制度已经过合法程序制定并公示，那么在实际操作中，可能会以规章制度为准。不过，根据最高人民法院的相关司法解释，当劳动合同与规章制度不一致时，劳动者请求优先适用合同约定的，人民法院应予支持。因此，在这种情况下，劳动合同的约定仍然可能具有优先效力。但为了避免争议，建议用人单位在制定规章制度和劳动合同时保持一致性。
三、法律建议
对于用人单位：
- 确保规章制度的制定程序合法、内容合法，并向劳动者公示或告知。
- 在劳动合同中明确约定解除条款时，确保该约定不违反法律、行政法规的强制性规定。
- 在解除劳动合同时，确保有充分的依据和合法的程序。
对于劳动者：
- 仔细阅读劳动合同和规章制度，了解自己的权利和义务。
- 若对单位解除劳动合同的合法性存在疑问，可及时咨询专业律师或申请劳动仲裁。
- 在维护自身权益时，注意保留相关证据（如考勤记录、工资单、劳动合同等）。
总结来说，劳动合同中“旷工三天严重违纪解除劳动关系”的条款是否有效，取决于用人单位的规章制度是否合法有效以及劳动合同中的约定是否合法且不违反规章制度。在实际操作中，建议用人单位和劳动者都遵循合法、公平、平等自愿、协商一致的原则，以避免不必要的法律纠纷。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。