劳动合同中约定90天内旷工3日以上解除劳动合同，该约定本身在符合一定条件下是有效的。以下是对此问题的详细分析：
一、合法性基础
法律依据：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》第三十九条，劳动者严重违反用人单位的规章制度的，用人单位可以解除劳动合同。旷工行为通常被视为严重违反用人单位规章制度的行为之一。
合同约定：
- 用人单位与劳动者在劳动合同中明确约定“90天内旷工3日以上可解除劳动合同”，该约定在不违反法律法规强制性规定的前提下，对双方具有约束力。
二、合法性条件
规章制度需合法合理：
- 用人单位的规章制度必须经过民主程序制定，并向劳动者公示或告知。这意味着规章制度不能是单方面制定的，而需要经过与劳动者的协商或讨论，并确保劳动者知晓其内容。
- 规章制度的内容不得违反法律法规的强制性规定，且应合理、公正。例如，不能设定过于苛刻的旷工标准或处罚措施。
旷工事实需确凿：
- 用人单位必须有充分的证据证明劳动者存在旷工行为，如考勤记录、监控视频等。这些证据应真实、有效，能够形成完整的证据链，以证明劳动者的旷工事实。
解除程序需合规：
- 在解除劳动合同时，用人单位应遵循法定程序。例如，应提前通知工会（如有工会组织），并向劳动者送达解除劳动合同通知书，明确解除的理由和依据。
- 解除劳动合同的决定应及时、明确地告知劳动者，确保劳动者知晓其权利和义务的变化。
三、注意事项
避免滥用权利：
- 用人单位不得滥用劳动合同解除权，随意以旷工为由解除劳动合同。应确保解除行为的合法性和合理性，避免引发劳动争议。
保障劳动者权益：
- 在解除劳动合同时，用人单位应依法支付劳动者应得的工资、经济补偿金等。如因用人单位的原因导致劳动合同解除，还应承担相应的法律责任。
考虑实际情况：
- 在实际操作中，用人单位应综合考虑劳动者的旷工原因、情节严重程度以及过往表现等因素，做出合理的判断和处理。例如，对于因特殊原因（如突发疾病、家庭紧急情况等）导致的短暂旷工，用人单位可以给予一定的宽限期或理解。
建议：
- 对于用人单位而言，在制定规章制度和劳动合同条款时，应确保其合法性和合理性，并遵循法定程序进行公示和告知。同时，在解除劳动合同时，应依法履行相关程序，确保解除行为的合法性和有效性。
- 对于劳动者而言，应严格遵守用人单位的规章制度和劳动合同条款，避免出现旷工等违规行为。如因特殊原因无法按时到岗，应及时与用人单位沟通并说明情况，以免引发不必要的劳动争议。
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