结论：公司规定“旷工一天扣三天工资”，即使员工签字确认，该规定在大多数情况下也是不合法的。
法律角度分析
法律依据：
- 根据《中华人民共和国劳动法》第五十条，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。
- 《工资支付暂行规定》第十六条进一步规定，若劳动者因个人原因给用人单位造成经济损失，用人单位可按劳动合同约定要求赔偿，但每月扣除的工资不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后剩余工资不得低于当地最低工资标准。
扣款限制：
- “旷工一天扣三天工资”的做法显然超出了法律规定的扣款范围。旷工一天，劳动者仅未提供这一天的劳动，用人单位有权不支付这一天的工资，但无权扣除额外两天的工资。
规章制度合法性：
- 用人单位的规章制度必须合法且经过民主程序制定，并向劳动者公示。即使“旷工一天扣三天工资”作为劳动合同条款在员工入职时已明确告知，并得到了员工的同意，但如果该条款违反了国家强制性法律法规，那么它仍然不具备法律效力。
合理性分析
惩罚与过错不匹配：
- 旷工一天扣三天工资，这种惩罚措施过于严厉，与劳动者的过错程度不相匹配。合理的做法应该是根据旷工的时长和造成的实际损失来扣除相应的工资。
影响员工积极性：
- 过度的惩罚可能会打击员工的工作积极性，导致员工产生不满情绪，甚至引发劳动纠纷，对用人单位的长期管理不利。
不利于企业管理：
- 企业应该通过合理的管理制度和激励机制来提高员工的出勤率和工作效率，而不是依靠严厉的惩罚措施。合理的薪酬和奖惩制度能够激发员工的工作热情，提高企业的整体绩效。
实际操作建议
了解法律法规：
- 劳动者应了解自己的合法权益和法律法规的相关规定，以便在权益受到侵害时能够及时维护自己的利益。
与企业沟通：
- 如果认为企业的扣款规定不合理，可以与企业进行沟通协商，寻求双方都能接受的解决方案。在沟通过程中，可以引用相关的法律法规来支持自己的观点。
申请劳动仲裁或提起诉讼：
- 如果企业坚持执行不合理的扣款规定，劳动者可以向当地的劳动争议仲裁委员会申请仲裁，要求企业返还被克扣的工资并承担相应的法律责任。如果对仲裁结果不满，还可以向人民法院提起诉讼。
示例说明：假设某员工月工资为6000元，当地最低工资标准为2000元。如果该员工旷工一天，按照法律规定，用人单位最多只能扣除其当天工资（即6000元/30天≈200元）作为惩罚，且扣除后剩余工资不得低于2000元。而如果按照“旷工一天扣三天工资”的规定，用人单位将扣除600元（200元×3），这显然超出了法律规定的扣款范围。
总结：公司规定“旷工一天扣三天工资”即使员工签字确认也是不合法的。劳动者应了解自己的合法权益，并在必要时采取法律手段维护自身利益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。