结论前置：
- “旷工一天扣三天工资”的做法，在大多数情况下是不合法的。它违反了《中华人民共和国劳动法》及相关法律法规对于工资支付和扣除的规定。
- 若用人单位能证明旷工行为造成了额外经济损失，并有合理计算依据，则可能要求赔偿，但这与直接扣除工资不同。
详细分析：
法律依据与原则
- 《中华人民共和国劳动法》第五十条明确规定，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。这一条款构成了判断扣罚工资行为合法性的基本法律框架。
- 《工资支付暂行规定》第十六条进一步规定，若劳动者因个人原因给用人单位造成经济损失，用人单位可按劳动合同约定要求赔偿，但每月扣除的工资不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后剩余工资不得低于当地最低工资标准。这限制了用人单位扣除劳动者工资的情形和比例。
旷工一天的工资扣除情况
- 通常情况下，旷工一天，用人单位有权不支付当天的工资，这是基于劳动者未提供相应劳动的合理对应措施。但直接扣除三天工资则超出了这一合理范围。
- 日工资的计算应遵循相关规定，即月工资收入除以月计薪天数（一般为21.75天）。因此，旷工一天的工资扣除应仅限于当天的工资。
企业规章制度的合法性
- 即使企业的规章制度或劳动合同中明确规定了旷工一天将扣3天工资，并且这一规定经过了合法的程序制定和公示，从形式上看似乎具有合法性，但这并不意味着所有类似的扣罚方式都是合理的。
- 企业在制定规章制度时，应确保规定的合理性、公平性，并充分考虑到员工的权益和感受。扣罚方式不应过分严厉，以至于构成对劳动者劳动报酬权利的侵犯。
经济损失的赔偿与工资扣除的区别
- 如果劳动者旷工给用人单位造成了经济损失，用人单位可以按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。但赔偿的扣除部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后的剩余工资部分不得低于当地月最低工资标准。
- 这与直接扣除三天工资是不同的法律概念。直接扣除工资可能构成对劳动者劳动报酬权利的侵犯，而要求赔偿经济损失则需有确凿证据和合理计算依据。
实际操作建议
- 劳动者：遇到此类情况，首先应与用人单位协商解决，表达自身合法权益。协商不成时，可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的权益。
- 用人单位：应遵守相关法律法规，确保工资支付的合法性和合理性。在制定规章制度时，应谨慎考虑各方面因素，确保规定的公平、公正和合理。同时，应加强与员工的沟通，共同维护和谐的劳动关系。
总结：
“旷工一天扣三天工资”的做法在大多数情况下是不合法的。用人单位应遵守相关法律法规，确保工资支付的合法性和合理性。劳动者也应了解自己的权益，必要时采取法律手段维护自身利益。如果你有任何具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。