结论前置：公司规章制度中规定旷工一天扣三天工资的做法，在法律上通常是无效的。以下从法律角度、合理性分析以及应对建议三个方面进行详细说明：
法律角度分析
法律依据：
- 根据《中华人民共和国劳动法》第五十条，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。这意味着用人单位在支付工资时，必须遵循法定标准，不能随意扣除。
- 《工资支付暂行规定》第十六条也明确规定，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后的剩余工资部分不得低于当地月最低工资标准。这一规定限制了用人单位扣除劳动者工资的额度。
扣款限制：
- 旷工一天，劳动者仅当天未提供劳动，因此用人单位最多只能不支付当天的工资。扣除三天工资的做法显然超出了这一限制，属于违法行为。
规章制度合法性：
- 用人单位的规章制度必须合法且经过民主程序制定，并向劳动者公示。未经法定程序制定或未向劳动者公示的规章制度，对劳动者不具有约束力。因此，如果公司规章制度中的这一规定未经民主程序制定或未向劳动者公示，那么该规定对劳动者不具有法律效力。
合理性分析
惩罚与过错不匹配：
- 旷工一天扣三天工资，这种惩罚措施过于严厉，与劳动者的过错程度不相匹配。合理的做法应该是根据旷工的时长和造成的实际损失来扣除相应的工资。
影响员工积极性：
- 过度的惩罚可能会打击员工的工作积极性，导致员工产生不满情绪，甚至引发劳动纠纷。
不利于企业管理：
- 企业应该通过合理的管理制度和激励机制来提高员工的出勤率和工作效率，而不是依靠严厉的惩罚措施。
应对建议
了解法律法规：
- 劳动者应了解自己的合法权益和法律法规的相关规定，以便在权益受到侵害时能够及时维护自己的利益。
与企业沟通：
- 如果认为企业的扣款规定不合理，可以与企业进行沟通协商，寻求双方都能接受的解决方案。例如，可以提出按照实际旷工天数扣除工资，或者根据旷工造成的实际损失进行赔偿。
申请劳动仲裁或提起诉讼：
- 如果企业坚持执行不合理的扣款规定，劳动者可以向当地的劳动争议仲裁委员会申请仲裁，要求企业返还被克扣的工资并承担相应的法律责任。在必要时，还可以依法提起诉讼来维护自己的合法权益。
综上所述，公司规章制度中规定旷工一天扣三天工资的做法在法律上通常是无效的。劳动者在面对这种情况时，应了解自己的合法权益和法律法规的相关规定，积极与企业沟通协商，并在必要时寻求法律援助来维护自己的权益。如果你有进一步的法律问题或需要更详细的法律建议，可以直接向我咨询。