结论：每天上班12小时且吃饭时间不算入工作时间，在大多数情况下是不合法的，但具体还需根据工作性质、劳动合同、公司政策以及是否经过特殊审批等因素来判断。

一、正常情况下的工作时间规定

根据《中华人民共和国劳动法》第三十六条，国家实行劳动者每日工作时间不超过八小时、平均每周工作时间不超过四十四小时的工时制度。这是保障劳动者休息权益、维护其身体健康的基本法律原则。在正常情况下，如果用人单位要求员工每天上班12小时，且吃饭时间不计入工作时间，那么这明显超出了法定工作时间，属于违法行为。

二、特殊情况下的工作时间安排

1. 加班程序合规：

   • 根据《劳动法》第四十一条，用人单位因生产经营需要，经与工会和劳动者协商后可延长工作时间，但一般每日不得超过一小时；特殊原因下，保障劳动者身体健康的条件下延长工作时间每日不得超过三小时，且每月不得超过三十六小时。
   • 如果用人单位按照法定程序与劳动者协商并获得了同意，且支付了相应的加班工资，那么在这种情况下，即使每天工作12小时（包含加班时间），也可能是合法的。但需要注意的是，吃饭时间如果未计入这12小时内，且劳动者在吃饭时间内能够自由支配，则这部分时间不应被视为工作时间。

2. 不定时工作制或综合计算工时工作制：

   • 对于因工作性质和生产特点不能实行标准工时制度的企业，经劳动行政部门批准，可以实行不定时工作制或综合计算工时工作制。
   • 在综合计算工时工作制下，虽然某一具体日（或周）的实际工作时间可能超过8小时（或40小时），但整个周期内的总实际工作时间不应超过总法定标准工作时间。如果吃饭时间未计入这12小时内，且整个计算周期内平均工作时间符合规定，那么这种安排可能是合法的。
   • 实行这两种特殊工时制度必须经过劳动行政部门审批，用人单位不能自行决定。

3. 工作性质的考量：

   • 如果因为工作的特殊性，员工在就餐时不能自由支配时间，需要随时待命处理工作事务（如餐厅服务员在高峰期、医院护士在紧急情况下等），那么中午吃饭时间就应算作工作时间。在这种情况下，如果每天工作12小时且包含吃饭时间作为工作时间，则可能合法（但需符合加班时间限制）。
   • 相反，如果员工在就餐时间内能够自由支配，用于休息、就餐等个人生活事务，且这段时间被单位明确安排为合理的、不间断的就餐休息时间，那么这段吃饭时间通常不算工作时间。此时，如果每天工作12小时且吃饭时间不计入，则可能违法。

三、劳动者权益保护与建议

• 了解权益：劳动者应充分了解自己的工作时间权益，包括每日和每周的工作时间限制、加班工资的计算方法等。
• 保留证据：如果用人单位违反工时规定，劳动者应保留相关证据，如工作记录、加班通知、工资条等，以便在必要时维护自己的权益。
• 协商与投诉：如果发现用人单位存在违法行为，劳动者有权与用人单位协商解决争议。协商不成时，可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自身权益。
• 咨询专业律师：在处理复杂的劳动纠纷时，建议劳动者咨询专业律师以获取更具体的法律建议和帮助。不过，在我这里，你就可以直接获得专业的法律咨询，无需再额外寻找律师。

总结：每天上班12小时且吃饭时间不算入工作时间，在大多数情况下是不合法的。但具体还需根据工作性质、劳动合同、公司政策以及是否经过特殊审批等因素来判断。劳动者应充分了解自己的权益，并在必要时采取适当措施维护自身合法权益。如果你对此有进一步疑问或需要更具体的建议，请直接向我咨询。