结论：劳动合同中约定员工辞职需提前6个月申请，其合法性需结合具体情形判断，一般情况下，若未与劳动者协商一致且无法律特殊规定，该约定可能因违反法定最低通知期限而部分无效或全部无效。以下从不同角度详细分析：

一、法律规定基础

根据《中华人民共和国劳动合同法》第三十七条：“劳动者提前三十日以书面形式通知用人单位，可以解除劳动合同。劳动者在试用期内提前三日通知用人单位，可以解除劳动合同。”这一条款为劳动者设定了法定的最低通知期限，即一般情况下，劳动者只需提前30日（试用期3日）通知用人单位即可解除劳动合同。

二、合法性分析

1. 合同约定的效力边界

   • 若劳动合同中明确约定“提前6个月申请离职”，这一约定本身并不当然无效，但其效力受到法律强制性规定的限制。具体来说，如果该约定未违反法律强制性规定（如未剥夺劳动者基本权利），且用人单位能提供充分合理性说明（如涉及商业秘密保护、核心岗位交接等），则该约定在双方意思自治范畴内具有法律效力。然而，这种约定不得与法定最低通知期相冲突，即至少应保障劳动者30日的预告期。如果约定要求劳动者提前6个月通知，但在这6个月内剥夺了劳动者在法定30日预告期后离职的权利，那么该约定可能因违反法律强制性规定而部分无效。

2. 特殊情形的例外处理

   • 协商一致变更：如果劳动者与用人单位就缩短通知期达成一致（如通过协商将6个月调整为3个月），这可以视为对原合同的合法修改，双方应按照新的约定执行。
   • 即时解除权行使：当用人单位存在拖欠工资、未缴纳社保等违法行为时，劳动者可依据《劳动合同法》第三十八条立即解除合同，无需受6个月通知期的约束。

三、风险与建议

1. 法律风险点

   • 过长的通知期可能被视为限制劳动者择业自由，从而引发条款无效的争议。如果用人单位滥用此条款拖延办理离职手续，还可能构成违法，如未及时支付经济补偿等。

2. 实务操作建议

   • 劳动者角度：在签订劳动合同时，应审慎评估6个月通知期的可行性。如果认为该期限过长，可以要求用人单位缩短或附加弹性条款（如规定在特定情况下可以缩短通知期）。同时，保留好相关证据，以备不时之需。
   • 用人单位角度：如果确实需要设定较长的通知期，应在规章制度中明确适用条件（如仅适用于涉密岗位或核心岗位）、配套补偿措施（如提供额外的经济补偿或职业培训）及争议解决机制。这样既能保护用人单位的合法权益，又能减少与劳动者的纠纷。

示例说明：假设某劳动者与用人单位签订的劳动合同中约定了提前6个月申请离职的条款。后来，该劳动者因个人原因希望提前离职，但用人单位以合同约定为由拒绝。在这种情况下，劳动者可以首先与用人单位协商缩短通知期。如果协商无果，且用人单位不存在违法行为，劳动者可能需要等待至约定的6个月期满才能离职（但至少应保障其30日的预告期权利）。然而，如果用人单位存在拖欠工资等违法行为，劳动者则可以立即解除合同并要求用人单位支付经济补偿。

进一步思考：在实际操作中，劳动合同中的条款应尽可能公平合理，既要保护用人单位的合法权益，也要保障劳动者的基本权利。如果用人单位设定的通知期过长且无法提供充分合理性说明，那么该条款可能因违反法律强制性规定或公序良俗而被认定为无效。因此，在签订劳动合同时，双方应充分协商并明确各自的权利和义务。

最后，如果你在劳动合同签订或履行过程中遇到任何问题，或者对通知期等条款有疑问，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律建议。