劳动合同提前三个月申请辞职是否合法，需分情况来看：

1. 试用期内的情形：

   • 根据《劳动合同法》的相关规定，劳动者在试用期内提前三日通知用人单位，即可解除劳动合同。因此，若劳动合同中要求试用期内的劳动者提前三个月申请辞职，这一条款是不合法的，因为它限制了劳动者的法定权利，加重了劳动者的义务。

2. 已过试用期的情形：

   • 对于已过试用期的劳动者，根据法律规定，劳动者需提前三十日以书面形式通知用人单位，方可解除劳动合同。在此情形下，若劳动合同中要求劳动者提前三个月申请辞职，这同样超出了法定的通知期，一般来说也是不合法的。
   • 不过，也存在特殊情形。若劳动者担任公司重要管理岗位或掌握核心商业秘密，其离职可能给公司带来重大损失，且公司能证明这一点，同时在劳动合同中约定了相应补偿等对等条款，那么提前三个月辞职的约定可能具有一定合理性与合法性。但这种情况较为特殊，需要具体分析。

3. 合同特别约定的情形：

   • 如果劳动合同中有明确约定，且该约定是双方真实意思表示，不违反法律法规的强制性规定，那么劳动者有可能需按照合同约定提前三个月申请辞职。但这种情况较为少见，且需要严格审查合同的合法性和合理性。

若用人单位设置不合理的提前辞职通知期，劳动者应如何维权：

• 劳动者可与用人单位协商解决，要求修改不合理的通知期条款。
• 若协商不成，劳动者可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自身合法权益。

法律建议：

• 劳动者在签订劳动合同时，应仔细阅读合同条款，特别是关于辞职通知期的约定。
• 若发现合同条款存在不合法或不合理之处，应及时与用人单位沟通并协商修改。
• 若用人单位拒绝修改或协商无果，劳动者可寻求法律援助或向相关部门投诉维权。

可能的法律后果：

• 若劳动者未按照合同约定或法律规定提前通知用人单位而擅自离职，可能需承担违约责任或赔偿用人单位因此遭受的损失。
• 若用人单位设置不合理的提前辞职通知期并限制劳动者的合法权益，可能面临劳动监察部门的处罚或劳动仲裁机构的裁决。

综上所述，劳动合同提前三个月申请辞职是否合法需分情况来看。劳动者在签订劳动合同时应仔细阅读合同条款并了解自己的权利和义务。若遇到不合法或不合理的条款应及时维权。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。